腫瘤標誌物檢測被認為是早期發現無症狀微灶腫瘤的唯一途徑。然而迄今為止，還未發現具有100%的靈敏度和100%特異性的腫瘤標誌物。目前發現的絕大多數腫瘤標誌物還不能達到準確檢測早期癌症的目的。也就是說，腫瘤標誌物檢測呈陽性不一定就是腫瘤，而僅僅只是一種提示和信號，提示檢測者屬於癌症高危人群。有的腫瘤自始至終腫瘤標誌物都不會升高；有的腫瘤標誌物在早期正常，疾病發展到一定程度才會升高。因此腫瘤標誌物檢測呈陰性不一定就能排除腫瘤。
以下原因會引起檢測的假陰性：產生腫瘤標誌的腫瘤細胞數目少；細胞或細胞表面被封閉；機體體液中一些抗體與腫瘤標誌（腫瘤抗原）形成免疫複合物；腫瘤組織本身血液循環差，其產生的腫瘤標誌物不能分泌到外周血中。比如10%~20%的原發性肝癌患者腫瘤標誌物AFP檢測始終為陰性，或測定值升高不顯著；只有約30%~50%的宮頸癌早期患者血清中腫瘤標誌物糖鏈抗原125（CA-125）升高。因此，腫瘤標誌物檢測結果陰性、但有腫瘤警告信號者仍需做進一步檢查。
康博士