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“柴胡劫肝陰”作為一種學術觀點明確提出，首見於林北海重刊張司農《治暑全書》序文中，對後世醫家診療行為影響較大，引發較多爭議。
持此論者多認為，柴胡具升散之性，昇陽的同時易擾動相火，臨床易出現或加重肝腎陰虧、氣陰耗傷的證候。
明繆希雍謂“柴胡性升而發散，病人虛而氣升者忌之，嘔吐及陰虛火熾炎上者，法所同忌，瘧非少陽經者勿入，治瘧必用柴胡，其說誤甚。不可久服，亦無益精明目之理。”
張景嶽稱“柴胡之性，善洩善散，所以大能走汗、大能洩氣，斷非滋補之物，凡病陰虛水虧而孤陽勞熱者，不可再損營氣。蓋未有用散而不洩營氣者，未有動汗而不傷營血者，營即陰也，陰既虛矣，尚堪再損其陰否”。
李梴《醫學入門》認為柴胡對於“元氣下絕，陰火多汗者，誤服必死。”
這些醫家均提出疾病證屬陰虛水虧或陰虛火旺、虛火上炎者，不宜應用柴胡。
據統計，葉氏《臨證指南醫案》治瘧案142例中，用柴胡僅佔0.7%。
王孟英《溫熱經緯》也針砭幼科時弊，“一見發熱，既以柴葛解肌，初不究其因何而發熱出也。表熱不清，柴葛不撤，雖肝風已動，瘛已形，猶以風藥相虐，亦不慎乎。”在治療瘧疾時，王孟英將瘧分為正瘧和時瘧，認為正瘧當用仲景小柴胡湯；時瘧多屬風溫、溼溫、暑熱、伏邪，當避免用柴胡劑。
有學者統計，《溫熱經緯》中用柴胡治瘧僅4例，除1例正瘧小柴胡湯證外，餘用柴胡劑，多去參、夏、姜、棗等辛溫之品，甚至僅餘柴胡1味。
《王旭高醫書六種》載有治肝30法，在疏肝法中，“如肝氣自鬱本經，兩脅氣脹或痛者，宜疏肝，香附、鬱金、青皮、橘葉之屬。”獨不列入柴胡。
現代醫家嶽美中認為，柴胡是解鬱疏肝的主藥，但若肝陰不足，主張不可濫投柴胡，認為“僅在舌苔白潤，脈弦或濡，並有柴胡證，方可應用。”
北京中醫藥大學王綿之曾治療1例患者服用單味柴胡經年，出現頭暈頭痛，煩躁易怒和精神症狀，經予重鎮潛陽、養陰生津、鎮靜安神後好轉，認為柴胡確實有劫肝陰的不良反應。
現代動物實驗也有相關支持的論據，如孫蓉等應用臨床人常用柴胡日用生藥量60倍（15g/kg）給SD大鼠連續灌胃，1個月後病理檢查發現肝細胞脂肪變性，認為柴胡長時間、大劑量使用可造成大鼠肝損傷。
綜觀持“柴胡劫肝陰”論的中醫大家，主要立足點在於凡病耗氣傷陰，津液虧損，或肝腎陰虧者，不宜應用柴胡，因柴胡具升散之性，易於擾陽，對於肝腎陰虧之質，或久病陰液耗傷之體，有劫耗陰液之弊。
該觀點認為，柴胡味苦性平微寒，《神農本草經》稱其上品，能“去心腹腸胃結氣，飲食積聚，寒熱邪氣，推陳致新”，認為柴胡並無溫燥之性，何談傷陰弊端？
張仲景《傷寒論》柴胡劑不但用於外感，還廣用於雜病、婦人病。
李時珍謂“柴胡平肝膽三焦包絡相火，及頭痛，眩暈、目昏赤痛障翳，耳聾鳴等證。”認為柴胡對肝火旺者亦所適用。
葉天士《幼科要略·瘧門》雲“幼科庸俗但以小柴胡去參，或香薷、葛根之屬”，是對於當時醫家習用柴胡劑通治各類發熱疾病提出批評意見，並非一概否定柴胡的使用。
傷寒名家徐靈胎對葉天士倡言“柴胡劫肝陰”抨擊尤烈，謂“此老終生與柴胡為仇，何也？”
賈九如《藥品化義》亦有“陰虛勞怯致身發熱者，以此佐滋陰降火湯，除熱甚效”之說。
近代醫家章次公根據《本經》記載，結合自身臨床應用柴胡經驗，總結柴胡的作用有三：一為解熱；一為瀉下；一為祛瘀。“柴胡具有解熱及洩下作用……用其通便洩濁，穩當無比。”臨床常用吳又可達原飲加柴胡治療溼溫病，認為柴胡之作用不外此三端，斥“柴胡激動肝腸，非陰虛之人所宜服，柴胡性升竄散，非江南之人所宜服”為邪說。
姜春華常用柴胡治外感高熱、肝病、膽道疾病及婦女月經不調，即使大量長期使用，也未發現柴胡劫傷肝陰的不良反應。
現代學者認為，葉天士“柴胡劫肝陰”之說，是針對當時醫家“習慣用柴胡劑治療溫熱病”而設，並非對柴胡的一概偏廢。認為肝臟以血為體，以氣為用，臨床多肝用為病，對於肝臟疏洩不及，氣機鬱而不伸，仍當以疏肝理氣為法；對於肝熱、肝火證者，在清肝瀉肝的同時佐以疏解之法，以散鬱火。“柴胡劫肝陰”是因柴胡應用不當，辨證不確所致，其過當責之於醫，不可責之於藥。
有學者用柴胡疏肝散隨症加減治療慢性胃炎、膽囊炎，胃陰虧損或火鬱胃熱者減炙甘草、川芎、香附，加川楝子、黃精、扎參、枸杞子，或少量洩熱清火藥物，患者多用藥6~9個月，均未觀察到明顯肝陰虧損表現。
根據文獻記載，唐代以前柴胡多用北柴胡，及至唐宋後，南柴胡開始在江浙地區使用較多，目前全國大多數地區應用以北柴胡為主。
《本草匯言》稱“北柴胡清熱，治傷寒邪熱也；軟柴胡清熱，治肝熱骨蒸也。……然又有真藏虛損，原因肝鬱血閉成勞，虛因鬱致，熱由鬱成，軟柴胡亦可相機而用。”指出仲景《傷寒論》大、小柴胡湯用北柴胡；脾虛勞倦，用補中益氣湯，婦人肝鬱勞弱，用逍遙散、青蒿煎丸少佐柴胡，俱指軟柴胡（南柴胡）。
王正公認為“柴胡劫肝陰”中的柴胡應為南柴胡，認為提出和贊同該觀點者多為江南醫家，北柴胡長於推陳致新，而南柴胡藥用莖葉，長於發汗解表，升舉清陽，疏解肝膽鬱滯之氣，其劫耗肝陰之弊亦較為顯著。
有學者認為，葉天士倡言的“柴胡劫肝陰”，非專指柴胡藥味而言，是指整個小柴胡湯，試觀小柴胡湯，……方中有姜夏之辛燥，參棗之甘溫，只能和解半表半里之邪，而不可施之於肝熱陰虛之證，否則定是劫陰無疑。葛根竭胃汁，也是說葛根湯中有麻桂之辛溫，用之於邪火傷胃之病，當有竭汁之虞。
首先，柴胡的作用一般可分為疏解表邪、調和肝脾、升舉清陽，治療的疾病一為寒熱往來，一為肝脾不調，一為陽氣虛陷。
其中清熱作用用量宜大，調和肝脾用量宜中，昇陽舉陷用量宜小。
南柴胡長於發汗解表，升舉清陽，能疏肝膽之氣以解肝鬱；北柴胡長於推陳致新，疏解寒熱邪氣以及痰熱，其疏導邪氣、退熱的作用，優於南柴胡。
生柴胡中揮發油含量相對較高，長於解表退熱；醋炙後，柴胡皂甙含量、水溶性浸出物含量、醇溶性浸出物含量均較生品高，而揮發油含量相對偏低，有較強的促進泌膽作用，能緩和柴胡升散之性，增強疏肝解鬱作用。
無論南柴胡、北柴胡，均非養陰柔潤之品。肝為剛髒，易受柔藥，在應用柴胡的同時，宜加入養肝柔肝之品，如生地黃、白芍等，一來養其肝體，二來複其肝用，二者相輔相成。
對於肝鬱日久，化火傷陰，陰虛火旺；或久病體虛，肝腎不足，陰虛絡瘀者，可以在養陰生津、清熱涼血的基礎上酌配柴胡引經。