社會分層來自社會分化，而埃及文明的社會分化以農業革命為前提。在農業革命之前，埃及文明經歷了漫長的舊石器時代。舊石器時代的埃及人以採集和漁獵為生，過著逐水草而居的半定居式遊牧生活，此時的社會組織結構被稱為遊群。直到新石器時代，農業革命先後在埃及各地開啟。
公元前7500—5000年，世界範圍內相繼開啟了一種以農業為核心的新的生產方式，生產生活方式由採集、漁獵轉為農耕是農業革命的內核。農耕生活為人類提供了穩定的食物來源，由此，人類定居下來。經過努力耕作，部分人擁有了可以支配的剩餘糧食和生活必需品，剩餘產品的出現推動了社會分化的產生和加速。
在埃及，位於下埃及的梅里姆達文化（公元前5000—4100年）被認為是埃及目前已知的最早的永久性農業村落，同時，它也是觀測埃及文明農業革命和社會分化進程的重要窗口。在其文化發展的第一階段，即公元前5000—4800年，其居民開始進行糧食的種植，並過上了相對穩定的定居生活。但是，由於農業發展不充分，生產力有限，因此其房屋大多逼仄簡陋，這是農業革命初級階段較為普遍的房屋狀況。由於農業生產帶來的收穫具有季節性，且受自然因素影響較大，不穩定性較強，因而集體外出漁獵和採集仍舊是該地居民生活的主旋律。人無恆產的現實情況使得居民對房屋並沒有儲存功能方面的要求，所以，此時的居民僅把房屋作為棲身之所。這一階段的梅里姆達地區仍舊處於原始公有制經濟為主導的經濟制度下。
但是隨著生產力的提升，農業的產出穩定增長，農耕經濟在社會經濟生活中的佔比不斷增加，在梅里姆達文化的第二階段（公元前4800—4600年）的遺址內出現的糧倉和壁爐成為其農業革命進一步深入的有力支撐，糧倉的出現意味著穩定糧食產出。這一時期的梅里姆達文化還出土了大量的牛骨，這說明在第二階段牛的養殖和使用明顯增多。牛的養殖和使用一方面佐證了梅里姆達農耕經濟的發展，同時也為農耕經濟的發展提供了有力的畜力支撐，這也意味著人類進入了馴養牲畜的新階段。雖然這一時期的史料無法證明已經出現專門從事畜牧業的人員，但不可否認的是，畜牧業在此時已悄然誕生，而農牧並重已經是這一時期社會化生產的主要形態。這一階段是埃及農業革命的第二個階段。由於農業革命的深入，耕種技術和農業工具的創新，農業產出得以快速增長。農業產出不僅能夠供養村落居民的飲食所需，同時可以飼養一定數量體型較大的牲畜。同樣，位於三角洲地區的處於同一時期的埃爾-奧馬裡文化（el-Omari culture）也開始了農牧並重的經濟模式，埃爾-奧馬裡文化種植大麥、亞麻和蔬菜，同時飼養和梅里姆達地區相同的家畜。埃爾-奧馬裡文化可能率先出現了權力集中的現象，因此地的一個墓穴中男性屍骨的手邊放著一根木杖，這可能是身份地位的象徵。
在農耕和畜牧並重的經濟形態下，梅里姆達地區經濟得以快速發展。到了公元前4600—4100年，該地區的發展進入了新階段。首先，在農牧經濟的支撐下，該地區的居民數量明顯增多，居住條件得到明顯改善。建築物的面積擴大到1.5—3平方米之間，較之前更加寬闊。房屋的材質也得到了改善，出現了泥制牆體和輕體植物製作的屋頂。其次，聚落開始出現明顯的功能分區，除住宅房屋之外，劃分出了專門的手工工作區域——作坊。作坊和住宅被區分開來，意味著手工業的發展得到了重視，也表明手工業即將或已經開始從農業中分離出來。從社區空間功能上來看，社會的第二次大分工在尼羅河三角洲已經開始。
社會的第二次大分工不僅在尼羅河三角洲地區進行，在同一時期的上埃及巴達裡也展露了跡象。巴達裡文化存在於公元前4400—4000年，是埃及典型的銅石並用文化，巴達裡文化不僅與梅里姆達文化一樣，先後出現了農業革命、畜牧業迅速發展，同時以製陶技術為代表的手工業也發展迅速，而與梅里姆達地區不同的是，巴達裡文化出土了大量的墓穴。這些墓穴所反映的喪葬風俗與埃及文明的傳統文化基本一致，因此學界普遍認為，巴達裡文化是埃及文明的重要組成部分。
巴達裡時期的墓穴主要分佈在埃爾-巴達裡、莫斯塔格達（Mostagedda）、馬特馬爾（Matmar）等地，僅在這3個地區就發掘了巴達裡文化期的墓穴725個。通過對這些墓穴的分析，可以明顯地觀察到貧富分化現象在巴達裡文化期開始凸顯，這種貧富分化的現象主要集中表現在陪葬品的數目和品質上。富有的墓穴一般擁有數十件陪葬品，同時還擁有特殊材質的物品，如5112號墓穴有多達20件的陪葬品，其中包括了一件象牙質地的花瓶和燧石箭矢；這一時期的5130號墓室也挖掘出精美的象牙梳子和勺子，以及貝殼飾品等物品；在5128號墓穴中則出土了象牙手環和燧石刀。鑑於巴達裡時期生產力水平的限制，這些數量不多的象牙製品和燧石武器可能屬於珍貴物品。同時由於這些數量極少的刀和箭頭並沒有使用過的痕跡，因此可以推測，可能是專門作為陪葬品而存在。再結合這一時期的農業發展情況，可以推測，巴達裡時期社會上已經出現了私有制，同時財富已經開始向掌握武力或權威的部分人的手中聚集。這一情況也可以通過墓穴的尺寸和形狀加以印證，在埃爾-巴達裡地區，最大的墓穴有4.34平方米，而最小的墓穴僅有0.19平方米。同樣的情況也出現在莫斯塔格達（Mostagedda）地區，這裡最大的墓室有3平方米以上，而最小的墓室僅有0.35平方米。大尺寸的墓室多呈長方形，而尺寸小的墓室則大多呈橢圓形。安德森通過對巴達裡地區墓穴貧富情況的對比，認為這裡有92％屬於貧困墓穴，而有8％屬於富有墓穴。埋葬在這92％貧窮墓穴裡的人，可能就是最早平民的雛形。這些富有墓穴大多數屬於女性，因此，學界普遍認為這一時期仍舊處於母系氏族公社階段，同樣的情況在同時期的其他幾個墓地中均有出現。社會的分化不僅反映在墓穴中，同時反映在製陶工藝之上。巴達裡文化發現的陶器分為兩種，即粗陶和精陶，這兩種製作工藝同時存在於同一時期意味著社會出現了兩種人群，富有的居民使用精製的陶器，而貧窮的大多數人使用較為粗糙的陶器。精製陶器的存在似乎也暗示了巴達裡文化期有著一群技藝精湛的手工藝人。他們甚至可能已經在富有居民的資助下，有精力專心地製作品質精美輕薄的陶器。
根據巴達裡文化期貧富分化的情況，部分學者推測，巴達裡文化已經出現了社會分層的雛形。但是根據社會分層的相關理論，社會分層的構成要素中貧富分化僅僅是社會分化的表現形式之一，僅作為必要條件存在，而不被看作充分條件，直到涅伽達文化前期，社會分化的進程才逐步由經濟層面擴展到社會其他層面。
進入到公元前4000年後，古埃及社會的社會分化現象愈加明顯，這種分化開始超出財富多寡層面。社會分化的一個重要特徵體現在職業分化之上，在生產力進一步提升，產出更多的農作物的前提下，涅伽達一期的手工業得到進一步的發展，出現了可以製作更高工藝燧石工具的工匠，這些技藝嫻熟的工匠在日常可能只專注於燧石開採和製作。先是巴達裡時期的陶器工匠的出現，後是涅伽達文化一期的石制工匠的出現，這意味著職業工匠在社會上已經開始成為常態存在。
除了職業工匠之外，涅伽達文化一期似乎還出現了戰士。不同於巴達裡文化出土的武器數目較少的情況，在涅伽達文化一期出土了明顯多於前一時期的武器，作為陪葬品出現。一般情況下，陪葬品分為兩類：一類是逝者生前慣用的物品，一類是為了逝者能夠在來世得以更好生活而新打造的禮器。而這些武器大多以燧石打造，硬度不大，且沒有明顯使用痕跡，因此作為禮器和身份象徵的可能性更大。據此可以推測，這一時期出現了一群有優秀作戰能力的戰士。與此相對應的是，涅伽達文化一期的居民點出現了形態和功能上的變化。巴達裡文化期的居民點以經濟活動為中心，換言之，埃爾-巴達裡等地的聚落形態趨向於開放、鬆散的居民社區，當地居民以獲得經濟物資為集聚前提，而涅伽達文化一期的聚落則展現了一定的凝聚力和排外性，構建起了防禦型的村落。努拜特（nbt）村落也就是皮特里提到的南村便擁有黏土製成的城牆，戰士正好對應了城牆戒備所需。涅伽達一期C階段城市化進程已經開啟，人口從分散的小型聚落逐漸向周邊規模更大的聚落聚攏，到了涅伽達二期已經形成了以涅伽達、赫利康波利斯、阿拜多斯三個地區為核心的超級聚落。
這一時期出現的紅王冠和荷魯斯王銜是涅伽達文化一期社會分化進入巔峰的標誌。紅王冠和荷魯斯王銜歷來是埃及文明王權的象徵，從傳統延續的角度來看，此時的紅王冠和荷魯斯王銜哪怕不是王權的象徵，也必然是作為地區性的權力的象徵。除此之外，眾多陶罐上的人物形象也印證了權威人物的出現。首先是出自烏姆卡布墓地的U-239號墓室的陶罐，其中繪畫了16個人物的形象，加芬克爾對這個陶罐進行了詳細的分析，並認為這個涅伽達文化一期的圖像僅是成年女性教導少年舞蹈的景象，但是他忽略了涅伽達文化一期時的女性地位。涅伽達文化一期，仍舊處於母系氏族公社的末期，女性在社會上仍舊擁有較高的社會地位，這在涅伽達文化一期的墓室尺寸上得到了有效的印證。而古埃及人歷來通過人物形象的大小來區分其地位的高低，在這兩個因素的疊加之下，這個陶罐中形象高大的女性的身份不言而喻。形象高大的女性們頭頂戴有頭飾，手中也拿著形似權杖的物品，由此推測這樣的女性在當地是擁有一定權威的人物。但是並非所有的權威人物都是女性，皮特里博物館編號UC15339號陶罐上也有兩個人物，其中形象較大且高舉著雙臂的人物有著明顯的男性特徵。布魯塞爾皇家藝術與歷史博物館編號E3002號陶罐上的人物形象則是通過對比的方式來彰顯權威人物的力量和優秀，由此進一步印證了社會分化在這一時期的情況。在陶罐中，有兩個雙手高舉的高大男性，其中更高大的這位用繩子捆住四名戰俘的脖頸，而另外兩位身材較小的人物則一臉崇敬地望著這名強者，這可能展現的是聚落中的領袖通過展示抓到的戰俘向自己的民眾表明自己的強大，可能是古埃及王朝時代國王炫耀功績壁畫的原型。而這幅陶罐畫中的8個人在社會上的地位似乎可以從形象和姿態上被分為3個等級，分別是兩名權威人物、兩名普通民眾和4名戰俘，這映射了對外暴力征服過程中所構建的權威逐漸將社會成員分化的現象。同一時期在阿巴迪亞（Abadiya）、涅伽達、阿拜多斯和赫拉康波里斯等地都發現了規格高於大多數墓穴的墓室。
綜上，涅伽達文化一期的各村落已經處於城市國家即將誕生的準備階段，社會也在經濟區域發展的內驅力和職業分化的推動下向著組織結構分化的層面逐漸深入。巴達裡文化期上埃及的生產力得以迅速發展，農業革命加速了剩餘產品的出現，而剩餘產品的積累導致了私有制的產生。巴達裡文化所展現的貧富分化現象便是以私有制在社會範圍內的廣泛存在為前提，而到了涅伽達文化一期，財富上的分化經由職業分化的加持，最終使權力迅速向著少部分人的手中集中，因而出現了一小部分權威人物，這些人物成為各聚落的領袖。在涅伽達文化一期，這樣的聚落遍佈其文化影響的區域。同樣的社會分化也在其他地區上演，社會成員間差距的拉大和權力的集中，為埃及國家的孕育做好了社會組織結構層面上的準備。到了涅伽達一期末期，即約公元前3550年左右，上埃及的部分聚落邁進酋邦社會的初級階段。
