經濟體制改革全面鋪開之後，中國迅速發展起來，由貧窮走向富裕。在此期間，一些幹部生出了墮怠之心，膽大包天居然敢搞貪腐，把整個政壇搞得烏煙瘴氣，朱鎔基總理對此很是厭惡，遂決定搞一次反腐行動，肅清體制內的風氣，把“蛀蟲”趕出革命隊伍。
朱總理最早開始與貪腐勢力鬥爭，是在上海當市長的時候，他上任的第一件事就是帶人去稅務、財政部門查賬本，每一筆明細都要仔細核對，結果發現了不少紕漏，有好幾筆款項都不知去向，明顯是有人藉著職務之便搞侵佔，損公肥私！朱總理當即將紀檢監察部門的工作人員叫過來，現場查案、辦案，沒過多久就揪出了害群之馬。
經此一戰，總理的名聲傳遍整個上海灘，老百姓都稱讚他是“包青天”，鐵面無私懲貪官，而滬地的其他官員則為之震顫，往後再也不敢胡來，嚴守紀律辦實事，一心一意謀發展。除此之外，總理還對相關招商條例進行了修改，適當放寬了投資環境，以吸引更多的外資到上海來，活躍十里洋場的經濟。
主政國務院之後，朱總理曾多次下到基層去考察，走過了大大小小數十個市、縣，還去過一些極度欠發達的村莊，與老百姓面對面交流，聽取群眾的意見。在此期間，總理發現中層幹部中有一些人心術不正，大搞權錢交易，嚴重損害了國家和人民群眾的利益。比如在1998年，南方爆發洪災的時候，總理親臨一線指揮賑災，慰問災民。
後來在視察防洪堤的時候，總理一眼就看出其是豆腐渣工程，質量遠遠不達標，想必這次洪災也與此有莫大的關聯。朱總理為此很是生氣，他當即表示，自己一定會嚴查此事，給大家一個交代。沒過多久，朱總理責成了一個專案組查察此事，並以此為契機，展開了一場曠日持久的大整肅，誓要將貪官全部消滅乾淨。
江總書記對此表示大力支持，總書記讓朱總理放心大膽的去幹事，無需在意任何質疑，黨就是他最堅強的後盾！朱總理為表示與貪腐鬥爭的決心，在一次公開會議上直言自己準備了100具棺材，有99具是給貪官准備的，另外1具是給自己準備的。往後數年間，紀委以及其他監察部門累計破獲貪汙案數千起，處置犯罪嫌疑人逾萬人。
其中最令人驚心動魄的當屬1999年的特大走私案，一個跑海運的香港人，先後與內地多名幹部勾結，頻繁運送違禁品進入大陸，賺取了天價的利潤。此案浮出水面後，一時震驚了國務院，朱總理氣得直拍桌子，表示底下的人太“無法無天”了，為了掙錢什麼事都幹得出來。他立即讓中紀委與公安部、檢察院的專家去事發地福建查察此案，務必要將所有涉案人員一網打盡，以儆效尤。
由於這起案件牽涉頗廣，因此無法在短時間內有個定論，一直到2001年才結案，有600餘名幹部被問責判刑，其中14人因為影響過於惡劣，被判死刑。值得一提的是，在辦案途中，有記者詢問朱總理是否遇到了阻力，無法再追查下去，總理直言沒有任何阻力，黨內絕對不允許貪腐發生，誰要是膽敢胡來，必定會受到懲罰。
2001年，在一次例行新聞發佈會上，有人問總理中國的偷稅漏稅問題是否很嚴重。總理沒有任何遮掩，大方承認稅務上存在比較大的問題急需解決，總理認為，從長遠來看，稅務系統的發展必然是走向規範化的，監督部門往後會更加關注稅務這一板塊，偷稅漏稅未來一定會走向消亡。總理還講到，中國目前的稅收是逐年增長的，這也從側面說明，國家對偷稅漏稅的打擊是卓有成效的。
朱總理退休後，國務院新一屆的領導人繼承了他的反貪思路，持續推進廉政建設，出拳打擊貪腐分子。十八大之後，反貪達到了一個新的高峰，許多省部級幹部紛紛被鐵拳打落馬下，成為法制教育的反面案例。時至今日，針對貪腐的糾察行動還在繼續，幾乎每年都會有新的“老虎”被打掉，其中不乏一些有能力，卻因為貪圖享樂一時誤入歧途的幹部。
