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大豆中的亞硝酸鹽本身比較低，即便經過長達幾個月的發酵也不會含有大量亞硝酸鹽，因此不能把腐乳和醃製食物混為一談。
腐乳和豉以及其他豆製品一樣，都是營養加推崇的健康食品。原料——豆腐乾本來就是營養價值很高的豆製品，蛋白質含量達15%～20%，與肉類相當，同時含有豐富的鈣質。
腐乳的製作過程中經過黴菌發酵，這就讓人擔心會不會產生黃麴黴毒素，又是否會對肝臟造成損傷的。
腐乳通常是黴菌發酵而成的。在做腐乳醃製的時候，通常會導致腐乳的表面出現一層白毛，而且這些白毛能夠有效地促進黴菌的大量繁殖，在黴菌的作用下，能夠有效的使腐乳中的蛋白質更容易被人體所吸收。
腐乳在黴菌的作用下，不僅能夠有效維持裡面所含有的維生素B2和維生素B12，同時裡面含有的營養價值也是比較多的，比如鐵鋅等。
在做醃製腐乳的時候，通常需要用豆腐胚加上水煮沸以後放上食用鹽進行醃製，然後再將醃製的腐乳放入痰中加上佐料，只要讓豆腐進行發酵，就能形成腐乳。
在做根黴腐乳的時候，通常需要採用耐高溫的根黴菌，在將純金培養後以後，讓人工接種在夏天溫度比較高的季節生產腐乳，但是跟黴菌絲會比較稀疏，而且顏色會淺，而裡面存在的蛋白酶和肽酶活性比較低，在生產腐乳的時候，口感以及色澤方面與毛黴腐乳不同。
毛黴腐乳在製作的過程中，將豆腐坯培養毛菌，然後再做稱前期的發酵，讓白色的菌絲長滿在豆腐的，能夠有效的形成堅韌的皮膜，能夠有效的累積到蛋白酶，然後再放入醃製的壇內發酵。
豆腐乳一般為豆腐加入食用菌發酵製成，雖然豆腐乳在發酵過程中，會出現毛黴，但其一般為白色的毛黴，不會出現黃色的黴。
對於黃色的黴，通常是由於豆腐乳出現變質造成。所以在製作腐乳之前，選擇的原材料是非常關鍵的。