分稅制改革後，中央和地方間逐漸形成了一個極其複雜龐大的財政轉移支付體系。但是，由於中國財政轉移支付體系是通過漸進性的方式建立起來，尤其是專項轉移支付基本都是根據中央政策“一事一議”不斷累積起來，具有典型的“打補丁”特徵。因此，在分稅制改革近20年後，中國雖然已經建立了一個龐大複雜的轉移支付體系，但其內部的各種弊病也不斷顯現，尤其是專項轉移支付受到了社會各界的批評。為此，黨的十八大後，中央對財政轉移支付體系進行了一系列改革，其中的關鍵是中央和地方財政事權和支出責任改革。
中央和地方財政事權和支出責任改革涉及財政支出的所有領域，各領域具體情況千差萬別，為此中央採取了分領域分別制定具體方案的辦法，這首先在基本公共服務領域取得了進展。改革將涉及人民群眾基本生活和發展需要、現有管理體制和政策比較清晰、由中央與地方共同承擔支出責任、以人員或家庭為補助對象或分配依據、需要優先和重點保障的主要基本公共服務事項，首先納入中央與地方共同財政事權範圍。目前暫定為八大類18項：一是義務教育，包括公用經費保障、免費提供教科書、家庭經濟困難學生生活補助、貧困地區學生營養膳食補助4項；二是學生資助，包括中等職業教育國家助學金、中等職業教育免學費補助、普通高中教育國家助學金、普通高中教育免學雜費補助4項；三是基本就業服務，包括基本公共就業服務1項；四是基本養老保險，包括城鄉居民基本養老保險補助1項；五是基本醫療保障，包括城鄉居民基本醫療保險補助、醫療救助2項；六是基本衛生計生，包括基本公共衛生服務、計劃生育扶助保障2項；七是基本生活救助，包括困難群眾救助、受災人員救助、殘疾人服務3項；八是基本住房保障，包括城鄉保障性安居工程1項。
18項基本公共服務，被改革確立為典型的中央和地方共同財政事權和支出責任，在支出上由中央與地方按比例分擔。具體分擔方式如下：
一是中等職業教育國家助學金、中等職業教育免學費補助、普通高中教育國家助學金、普通高中教育免學雜費補助、城鄉居民基本醫療保險補助、基本公共衛生服務、計劃生育扶助保障7個事項，實行中央分檔分擔辦法。具體而言：第一檔包括內蒙古、廣西、重慶、四川、貴州、雲南、西藏、陝西、甘肅、青海、寧夏、新疆12個省（區、市），中央分擔80%；第二檔包括河北、山西、吉林、黑龍江、安徽、江西、河南、湖北、湖南、海南10個省，中央分擔60%；第三檔包括遼寧、福建、山東3個省，中央分擔50%；第四檔包括天津、江蘇、浙江、廣東4個省（市）和大連、寧波、廈門、青島、深圳5個計劃單列市，中央分擔30%；第五檔包括北京、上海2個直轄市，中央分擔10%。
二是義務教育公用經費保障等6個按比例分擔、按項目分擔或按標準定額補助的事項，暫按現行政策執行。具體如下：義務教育公用經費保障，中央與地方按比例分擔支出責任，第一檔為8:2，第二檔為6:4，其他為5:5。家庭經濟困難學生生活補助，中央與地方按比例分擔支出責任，各地區均為5:5，對人口較少民族寄宿生增加安排生活補助所需經費，由中央財政承擔。城鄉居民基本養老保險補助，中央確定的基礎養老金標準部分，中央與地方按比例分擔支出責任，中央對第一檔和第二檔承擔全部支出責任，其他為5:5。免費提供教科書，免費提供國家規定課程教科書和免費為小學一年級新生提供正版學生字典所需經費，由中央財政承擔；免費提供地方課程教科書所需經費，由地方財政承擔。貧困地區學生營養膳食補助，國家試點所需經費，由中央財政承擔；地方試點所需經費，由地方財政統籌安排，中央財政給予生均定額獎補。受災人員救助，對遭受重特大自然災害的省份，中央財政按規定的補助標準給予適當補助，災害救助所需其餘資金由地方財政承擔。
三是基本公共就業服務、醫療救助、困難群眾救助、殘疾人服務、城鄉保障性安居工程5個事項，中央分擔比例主要依據地方財力狀況、保障對象數量等因素確定。
以上改革方案，對十三五時期國家基本公共服務領域的中央和地方財政事權和支出責任進行了初步明確，尤其是對18項民生領域基本公共服務進行了詳細規定。國家發改委最新發布的《國家基本公共服務標準（2021年版）》，則對十四五時期國家各項基本公共服務的服務標準、支出責任等進行了明確，進一步規範了中央和地方間在基本公共服務領域中的財政事權和支出責任劃分，為完善這一領域的財政轉移支付體制奠定了重要基礎。
根據中央的上述劃分方案，各省也制定了本省基本公共服務領域省與市縣共同財政事權和支出責任劃分改革方案，核心就是要明確各項基本公共服務在省內各層級政府間的支出責任。在此基礎上，市、縣級政府還制定了本轄區的相關方案，由於相關支出責任已經基本明確，市縣級方案更主要聚焦於更細緻的組織實施方案。
至此，我們簡略勾勒了國家以18項基本公共服務為重點，開展中央和地方共同財政事權和支出責任改革的基本做法，它涉及中央、省、市、縣等各個層級，並覆蓋了諸多政府部門，是改革中央和地方關係，尤其是規範中央和地方間轉移支付的關鍵環節。這18項基本公共服務，代表了國家公共支出在民生和公共服務領域的典型特點，即大量支出最終都按照一定標準補助到了個人和家庭，因此只要明確了各層級政府的分擔比例，就很容易通過公式精確的預算和分配，並最終落實到政策主體。
除基本公共服務領域外，過去幾年，中央先後在諸多不同領域展開了財政事權和支出責任改革，比如先後發佈了教育、醫療衛生等領域的具體改革方案。根據前財政部部長樓繼偉的介紹，十八大以後，截止2018年4月，黨中央、國務院出臺的重要文件中，涉及政府間事權和支出責任劃分的共50件，涵蓋經濟體制、生態環保、市場監管、民生保障、政法、國防、外交等多個領域。其中，15件明確界定了相關領域中央和地方的事權和支出責任範圍，包括人民防空、金融監管、環保監察、司法管轄、內貿流通、優撫安置、外交、外援、海域海島管理等方面。但總體而言，我國中央和地方間財政事權與支出責任改革仍然還有很長路要走，許多改革文件方案並未實現像基本公共服務領域那樣明確劃分財政事權與支出責任，不少方案以“按照中央和地方事權劃分，明確各級政府支出責任”的原則表述代替了具體劃分。
2019年開始，財政部在轉移支付預決算中，將中央和地方共同事權轉移支付作為一個新的類別列入一般性轉移支付中，資金規模佔轉移支付總量的43%。其實，共同事權轉移支付也是一種典型的具有明確資金用途和支出標準的專項資金，和美國等西方國家在社會性支出中採取的專項轉移支付非常相似。在中國，由於一段時期內專項轉移支付的設立、分配和管理不規範，引來了社會各界的大量批評，使中央在政策上盡力壓縮專項轉移支付，才有了共同事權轉移支付這一類別，它本質上只是專項轉移支付的一種新形式。在中央大規模壓縮、整合和規範專項轉移支付的情況下，傳統專項轉移支付的規模大大縮小，2019年佔轉移支付總額的比重僅10%。但是，一般性轉移支付中仍然有大量資金具有明確的指定用途。比如，2019年，一般性轉移支付中真正沒有指定用途，地方政府可統籌安排的均衡性轉移支付只有15632億元，佔轉移支付總量的比重僅21%。
可見，即使在中央極力壓縮專項轉移支付的情況下，具有明確指定用途的資金仍然佔轉移支付的絕對主體，他們本質上都是專項轉移支付。為何如此？主要原因在於：一方面，中國社會經濟發展高度不平衡，同時又是一個特別強調全體人民逐漸實現共同富裕的社會主義國家。因此，這客觀要求中央政府承擔大量的宏觀經濟穩定、社會再分配等職能，而且隨著社會經濟發展，這些職能日益豐富和凸顯。另一方面，與世界其他國家相比，中國中央政府的組織規模顯著偏小，中央政府公務員佔全國公務員總量的比重處於極低水平。這客觀上造成中央政府沒有能力直接組織實施許多事項和履行職能，只能將不少職能委託給地方政府行使，為了確保地方政府在履行這些職能時嚴格體現中央政策意圖，又不得不採取專項轉移支付的形式。
目前，我國的大量中央和地方共同事權，及由此產生的共同事權轉移支付，本質上都與此相關。這就必然導致兩個密切相關的結果：一是中央政府本級支出佔全部財政支出比重極低，近年已經下降到15%左右，這在全世界也是極低水平，這表明中央政府直接履行和實施的事權規模很小。二是中央和地方各級政府職能高度同構，“上下一般粗”。所謂“上下一般粗”是指除國防、外交等明顯中央政府職能外，中央和地方各級政府在職能上高度同構，各自的主要職能事權劃分不清晰，同一事權多層級政府共同參與，共同事權氾濫、行政效率偏低，背後的重要原因之一是中央政府缺乏直接履行大量事權的組織能力。因此，本質上講，大量中央和地方共同事權實際上是中央事權委託給地方行使，共同事權轉移支付只是專項轉移支付的一種新形式。
可見，分稅制以來，尤其是進入新世紀後，專項轉移支付在中國財政轉移支付體系中的普遍採用，就不簡單是政策選擇的結果，而是有更深層的結構性原因。正是因此，雖然十八大以來中央一直嘗試以各種方式規範整合專項轉移支付，但專項轉移支付仍然是財政轉移支付的主體。更深層來看，既然在目前中央和地方關係中，專項轉移支付的大規模存在有其內在必然性，因此與其僅僅從政策選擇上對專項轉移支付展開批評，或者僅僅從形式上對其進行更名換姓式的表面整治，還不如深入探討如何對專項轉移支付展開更為規範化的分配管理，這是更加實質性的問題。
根據資金性質和具體用途，中國專項轉移支付在自上而下分配過程中，一般採取因素法、項目法，以及因素與項目法相結合等分配方法。所謂因素法，就是在分配專項轉移支付過程中根據各種客觀因素並制定權重，設計一個分配公式，並據此對各地區分配專項轉移支付。
在具體執行中，專項轉移支付在不同層級政府中也可能採取不同分配方式，典型的有以下幾種組合：（1）“中央因素法、地方項目法”模式。即中央財政採用因素法確定各省專項資金規模，地方政府則需要通過項目法將資金落實到具體項目並組織實施，這裡運用項目法的地方政府，既可能是省級政府，也可能是更低層級的地市級基層政府。（2）“中央因素法、地方因素法”模式。即中央和地方均採取因素法層層向下分配資金。（3）“中央因素法、地方自主”模式。即中央採取因素法分配確定各省資金規模，各省相關部門自行安排地方分配方法。
“因素法”分配，本質上是一種資金指標分配方式。即中央主管部門並不負責將財政資金明確分配到可組織實施的具體項目，他們只負責資金指標的分配，將財政資金切塊分配下去，由地方政府部門負責分配到具體項目。形象的看，專項轉移支付在地方和基層由資金指標到具體項目的轉化，就像一束聚焦的燈光突然散射出去一般，每個縣市每年獲得的數百項資金指標都會在基層細化為成千上萬的具體項目。比如，一個典型的例子就是，中西部農村低保項目，項目資金基本都主要來自於中央財政轉移支付，但中央部門向下分配時都是按照一定因素分配資金指標，這一直要分配到鄉村兩級基層政府和組織，才能最終確立到具體項目對象。
因素法也是發達國家分配專項轉移支付的主要方法。比如，美國是沒有一般性轉移支付的國家，他的許多專項轉移支付具有一定的均衡性功能（尤其是直接對公民的轉移支付項目），但他的大部分專項轉移支付都採取因素法來分配。在聯邦政府對州和地方政府的財政補助中，有三分之二是以現金或實物的形式發放給了符合條件的個人。運用公式性的因素法分配轉移支付，基本成了現代轉移支付體制最主要的共同特徵，即無論是專項轉移支付還是一般性轉移支付，中央政府都傾向於用事先確立的公式向地方政府分配財政資金。
專項轉移支付採取項目法分配的，主要是對“用於國家重大工程、跨地區跨流域的投資項目以及外部性強的重點項目”。按照項目法分配的項目都要求實行項目庫管理，明確項目申報主體、申報範圍和申報條件，規範項目申報流程，發揮專業組織和專家的作用，完善監督制衡機制。學界通常對項目制所連帶的申請申報、評估評審、監督檢查等一系列複雜程序的批評，最典型的就表現在以項目法分配專項轉移支付的過程中。項目法分配具有典型的“一事一議”特徵，需要上下級政府以及不同部門間反覆的協商論證，經常還伴隨著一定的競爭性特徵。因此，項目法分配經常導致項目預算分配週期漫長，資金支出進度和效率偏低，也容易滋生尋租腐敗，是改革和完善專項轉移支付分配過程的重點和難點。
專項轉移支付的不同分配方式具有不同的特徵。“因素法”的優點是分配依據客觀變量，結果相對公平，行政成本較低，行政效率較高，資金預算安排週期短，一般能夠在預算批覆後很快下撥給下級政府；其缺陷是資金針對性不強，資金撥付方對接收方的控制權較弱。“項目法”則相反，上級政府對項目資金具有很強的控制權，資金針對性也更強，但分配過程中的主觀性和“尋租空間”更大，行政成本更高，行政效率較低，預算安排週期長。
實際上，專項轉移支付具體採用什麼分配方式，主要與財政資金的支出功能有關。總體來看，對於教育、醫療、社會保障等典型的民生支出，其中很大部分最終會直接補助到個人或家庭，在西方國家稱為“權利性支出”，因此比較容易用因素法展開分配。比如，以18項基本公共服務為代表的公共服務支出，由於具有明確的支出標準，最終很大部分也是補助到個人和家庭，因此就能夠順利用因素法在各級政府間分擔。與之相反，基礎設施建設、產業政策發展等經濟事務支出，基本都得用項目法分配，尤其是“國家重大工程、跨地區跨流域的投資項目以及外部性強的重點項目”，必然按項目法分配。
國家公共支出結構則與經濟發展階段密切相關。諸多經濟史家的研究一致發現：在工業化和城市化的早中期階段，國家公共支出必須履行大量公共投資職能，在基礎設施建設（交通、道路等）等方面投入大量資本，當經濟發展進入成熟階段後，公共支出的主要方向才會轉向教育、醫療、社保等社會服務領域。中國當前仍然處於從中高收入國家邁向高收入國家的關鍵階段，國家工業化、城鎮化過程中還有大量基礎設施、產業政策短板需要彌補，因此公共支出中仍然會有較大量的經濟事務支出，而典型西方發達國家公共支出則以社會保障等社會性支出為主體，只有極少量的經濟事務支出。同時，即使是教育、醫療、社會保障等社會性支出領域，目前在中國也有不小比例是基礎設施建設等資本性支出，而不同於這一領域通常的維持型支出（工資福利、辦公經費等）。改革開放以來，雖然中國公共支出中經濟事務支出比例逐漸下降，民生和公共服務支出比重逐漸上升，但目前仍然是一個經濟事務與民生支出的“雙強格局”，經濟事務支出仍然佔據重要位置，這在短期內還不會發生根本性的變化。
因此，專項轉移支付的分配方法才是最根本的，而這又與公共支出結構密切有關。當前，從中國專項轉移支付的構成來看，它也基本是一個經濟事務和民生支出的“雙強格局”，近年來民生支出扮演的角色越來越重要。公共支出結構的逐漸變化，尤其是專項轉移支付支出結構的變化，給進一步規範完善轉移支付提供了可能，我國之所以在分稅制改革20多年後才系統性地清晰劃分和界定中央和地方財政事權與支出責任，也與中國公共支出結構的這一演變歷程直接相關。
那麼，自上而下的專項資金的分配具體如何實現？這就涉及專項資金的管理模式問題。實際上，無論是中央還是地方各層級政府設立的諸多項目，包括專項轉移支付、非轉移性項目支出、以及地方本級部門預算中的項目支出等，都是由不同政府部門來主要負責分配管理，進而形成了一種“部門型”項目管理模式。自上而下的專項資金，在資金分配和管理過程中，長時期是在各層級政府部門內部相對封閉運行，一直要到最終組織實施的層級，才在該層級政府的統籌下，由主管部門和基層政府協調組織實施。
以中央對地方專項轉移支付為例。在資金管理分配過程中，由於大多數專項轉移支付都涉及到一些領域非常專業的知識和信息，財政部沒有能力單獨完成相關信息收集和核實評審，因此各類專項轉移支付都根據業務性質劃歸到了不同政府部門主管。財政部和這些部門互相配合，共同完成資金分配和管理。比如，2013年，中央對地方專項轉移支付多達220項，資金管理涉及56個部門；2014年，中央對地方專項轉移支付共133個，實際執行中安排明細專項362個，審計署抽查的343個明細專項有43個部門參與分配。總體而言，絕大多數專項轉移支付都是財政部門和主管部門共同管理的“共管資金”，只有極少數是由財政部門單獨管理。
因此，凡是參與主管中央對地方專項轉移支付資金的中央部門，它實質上都擁有兩類專項資金：一是中央本級部門預算中的項目支出，二是主管分配的專項轉移支付。發改委等具有二次預算分配權的單位，在資金分配上的自主性更大，一方面，財政部將中央基礎設施建設資金整體切塊給發改委，由它進行二次分配，它就具有了“小財政部”的特徵；另一方面，中央對地方專項轉移支付中的基礎設施建設資金，也歸口到發改委管理，它在項目分配上也具有很大的決定權，這屬於一種特殊性質的“共管資金”。
從專項轉移支付的設立申報審批過程來看。中央專項轉移支付，都承載了一些重要政策目標，因此它一般由國務院根據相關重要社會經濟發展戰略和政策設立，再由相關部門代表中央負責具體管理，財政部和其他政府部門無權自行設立專項轉移支付。尤其是近年來中央大大加強了對專項轉移支付的規範整合，原則上不再新設專項轉移支付，確因經濟社會發展需要新設立的專項，要求有明確的政策依據和政策目標，並需報國務院批准。專項轉移支付的申報審批，一般按照以下程序：（1）一般由中央主管部門發佈申報通知或年度立項指南；（2）地方和基層相應政府部門組織項目申報，將相關申報材料彙總報送中央主管部門；（3）中央主管部門單獨或會同財政部門對申報項目展開資料審核、項目評審等工作，確立資金分配方案；（4）中央主管部門會同財政部門聯合下達項目計劃和資金指標。
因此，自上而下的專項轉移支付，就類似於在封閉管道中流動的水流，中央政府一次性給各條管道注入了大量資金，資金達到省級後，省級部門有可能會取出少量資金在本級直接支出，但大部分資金則會由省級部門進一步細化分流導入到各個縣、市主管部門的資金渠道。省級部門在向下細分專項轉移支付時，會加上自身的政策意圖，即根據自身的政策偏好和資金管理要求，將資金細分到縣市一級政府部門。不僅如此，省級政府一般還會在這個過程進行一輪注資，結果省級部門向下下達的專項轉移支付，除了中央對省級下達的部分外，還包括省級財政另外增加的對市、縣的專項轉移支付。這既包括省級政府按照要求對中央某些專項轉移支付的地方配套，也包括省級政府根據本省工作計劃另外設立的專項轉移支付。
與專項轉移支付不同，在中央本級部門預算的項目支出分配過程中，政府部門會發揮更大的主導作用，因此又被稱為“部門資金”。之所以如此，是因為這些項目支出的分配，專業性和政策性一般比專項轉移支付更強，而且由於本身就屬於中央部門支出，因此會更直接清晰的體現部門政策意圖。近年來，隨著中央對專項轉移支付合並整合，以及進一步改革和規範中央與地方間財政事權和支出責任，中央專項轉移支付也大幅指向了民生領域，“因素法”分配的比重明顯擴大，因此專項轉移支付分配中的規範性顯著增強，主管部門的隨意性明顯減弱。但是，中央本級部門預算的項目支出，在具體項目確定和分配過程中，政策性和專業性都很強，基本都是“一事一議”的項目法，因此政府部門的主導性還是非常明顯。
中央部門預算中的項目支出，有些項目會由中央部門直接組織實施，但也有不少項目會在地方省市區具體組織實施。在這個過程中，很多時候就需要通過與專項轉移支付相似的程序展開項目申報評審，而且這些項目基本都是“國家重大工程、跨地區跨流域的投資項目以及外部性強的重點項目”，因此評審過程更加嚴謹複雜。但在項目確立以後，項目在地方的組織實施管理過程，則與專項轉移支付基本一致。正是這種相似性，使一些項目到底該列為中央本級項目支出，還是確定為中央對地方專項轉移支付，就不容易明確區分。
實際上，在中央對地方財政轉移支付的改革完善過程中，如何明確區分中央部門直接項目支出和中央對地方專項轉移支付，一直是一個難點。在目前的中央和地方間財政體制下，中央對地方專項轉移支付有以下幾種情況。（1）中央財政事權，中央安排專項轉移支付委託地方行使；（2）中央和地方共同財政事權，中央分擔部分通過專項轉移支付委託地方實施；（3）地方財政事權，中央為實現特定目標，安排少量的引導類、救濟類、應急類專項轉移支付予以支持。前文已指出，目前共同事權轉移支付成了中央與地方間專項轉移支付的主體部分。
那麼，在財政預算管理過程中，如何明確區分一些事項到底是中央對地方專項轉移支付還是中央部門直接項目支出呢？其關鍵在於區分這一項目支出是由中央直接組織實施，還是委託給地方組織實施。
中央明確要求：屬於中央事權的，原則上應通過中央本級支出安排，由中央直接實施；隨著中央委託事權和支出責任的上收，應提高中央直接履行事權安排支出的比重，相應減少委託地方實施的專項轉移支付；屬於中央地方共同事權的，中央分擔部分通過專項轉移支付委託地方實施。但是，在實際預算管理過程中，仍然會時不時出現將二者部分混淆的情況。比如，2019年，在預算執行過程中，中央對地方專項轉移支付中有基建支出等6個大項出現了實施主體發生變化，部分資金由對地方轉移支付轉列為中央本級支出，其中基建支出涉及金額約60億元；可再生能源發展專項資金由地方實施的只佔預算的66.7%，其餘部分基本都轉為由中央本級直接組織實施。同時，2019年共有農田建設補助資金等7個大項的共同財政事權轉移支付中有部分資金被轉列為中央本級支出。雖然這種預算執行中實施主體調整涉及的資金規模並不算大，但仍然反映出如何明確區分中央本級支出與對地方專項轉移支付的難點。
比專項轉移支付轉為中央本級支出要更為隱蔽的，是中央本級支出直接或間接的委託給地方政府組織實施。這種情況有直接明確的案例，比如，2019年中央對地方專項轉移支付中的工業轉型升級資金，在實際執行中就超出預算約10億元，其原因就在於部分資金由中央本級明確轉為對地方轉移支付，即實施主體由中央部門委託給了地方政府。但這更多是間接隱蔽的，即這些財政資金從預決算上都是中央本級項目支出，但在具體組織實施中，卻變相委託給了地方組織實施。這種情況非常隱蔽，很難清晰揭示出來，但應該說在中國政府運行中並不少見。背後的本質問題仍然是，本來應該由中央政府直接履行和組織實施的中央事權，在財政預算上也將財政資金明確給了有關部門，但由於相關部門組織規模不足等原因無法直接組織實施項目，進而不得不將項目委託給地方組織實施。在這種情況下，中央部門的直接項目支出，和中央對地方專項轉移支付已經沒有實質差異，本質上成了中央事權委託地方執行。
對地方政府而言，無論是中央專項轉移支付，還是中央部門直接項目支出，都是上級政府對本地的項目支持，也都需要地方政府向中央和上級進行爭取。在專項轉移支付中則主要爭取項目法分配的項目，因素法分配的項目有些因素也與地方政府履職的積極性或績效相關。對中央部門直接項目支出，也需要爭取更多中央直接項目落地到本轄區；尤其是一些重大基礎設施建設，經常由中央部門直接組織實施，但對地方發展而言卻是命脈工程，因此地方尤其重視。
中央對地方專項資金，主要就包括專項轉移支付和中央部門預算中的項目支出兩大塊。同樣，省級政府對縣市級政府的項目資金，也主要由這兩塊組成，其具體分配管理機制，也與中央到省級之間類似。從實踐來看，這些專項資金，都由相關主管部門負責管理分配，並在上下級相應部門之間相對封閉的運行，一直到其最終的組織實施部門。這就是學界所說的項目制這一國家治理體制的主要形態，即在中央和地方、上級和下級間的政府部門中相對封閉運行，最終匯聚到基層政府統籌實施的各類項目。
這種以部門為主要管理和運行單位的項目制，可以稱之為“部門型”項目管理模式。西方國家曾經採用過的項目預算（或計劃-項目預算）是以跨部門的項目為中心，嘗試徹底重構政府的治理模式；而中國的項目支出預算，則仍然是以政府部門為基礎，是在政府部門統籌管理分配的項目制，因此可以稱為“部門型”項目管理模式。
項目制之所以採用“部門型”項目管理模式，主要是為了確保專項資金的使用方向和資金安全。由於項目資金要經過多層級政府才能最終達到項目落點或實施主體，為防止各層級政府雁過拔毛或騰挪轉移，中央就直接剛性確定了資金用途和流通渠道，這無論在中央部門直接項目支出還是中央對地方專項轉移支付中都是如此。這種層層規範化、程序化和相對封閉化的部門管理，是一種典型的理性化、技術化治理模式，國家希望通過這種方式，實現中央和上級政府的政策意圖，並確保資金運行安全。
項目制所採用的“部門型”項目管理模式，也蘊藏著諸多內生的不足，最典型的包括以下兩方面。
一是財政資金的“部門化”和“碎片化”。這種相對封閉的“部門型”項目管理模式，不可避免的導致財政資金的“部門化”和“碎片化”。具體實踐中，不僅同一類型和用途的專項資金被切割到許多主管部門分別掌握，就是在同一個部門內部，一項專項資金也被分割成了很多細小專項分別由不同二級部門掌握，一直要細化和明確到主管部門內的基層行政單位，中央、省級部門就明確到了處（室），地市級細化到科（室），縣級則分割到股（室）。這就是中央政府部門專項資金管理過程中反覆出現的“司處化”和“碎片化”問題。
黨的十八大以來，中央對專項轉移支付改革的一個重點，就是整合規範專項轉移支付的“碎片化”問題。改革要求將“目標接近、資金投入方向類同、資金管理方式相近的項目予以整合，嚴格控制同一方向或領域的專項數量”；同時在資金管理中，特別強調“每一個專項轉移支付都有且只有一個資金管理辦法，對一個專項有多個資金管理辦法的，要進行整合歸併，不得變相增設專項”；“資金管理辦法要明確政策目標、部門職責分工、資金補助對象、資金使用範圍、資金分配辦法等內容，逐步達到分配主體統一、分配辦法一致、申報審批程序唯一等要求”。之所以如此要求，就是原來專項轉移支付管理分配中，出現了大量的“大項套小項”，即一個大的專項轉移支付，在實際執行中被主管部門再次分割成了諸多明細專項，由部門內部不同二級單位負責管理，導致一個大的專項轉移支付，出現了不同的分配主體、不同分配辦法、不同申報審批程序等情況，這實際上是變相增設專項。
但是，從實踐來看，項目整合仍然面臨很大挑戰。以2014年為例，雖然中央在專項轉移支付項目上由2013年的220個壓減到了133個，完成了政府工作報告提出的減少1/3專項轉移支付項目的目標。但是實際執行中卻又安排明細專項362個，審計署抽查的343個明細專項有43個部門參與分配，涉及123個司局、209個處室。其中，農業部就參與分配4個大項（共18個子項），“公共衛生服務補助”專項則細分為21個明細專項，其中衛計委疾病預防控制局有10個處參與13個明細專項的分配。顯然，實際執行中並未有效實現專項整合的目標，專項資金的“碎片化”“司處化”問題仍然嚴重。
實際上，這是精密理性科層制的科層分工邏輯的必然結果，它一方面強調明確具體的科層分工，因此要將專項資金細分到部門內的基層行政單位才能明確權責關係。因此一個專項轉移支付被劃歸政府部門主管後，一定要落實到部門內的最基層行政單元。同時，在這個過程中還需要處理和麵對政府部門內部各部門間微妙的權責平衡，如果一項專項轉移支付數額巨大，若在一箇中央部門中完全由一個二級部門掌握，則形成了各部門間權力-資源的嚴重不平衡，為平衡部門內部的權責關係，則幾乎必然將大專項在部門內部切分為小專項，由不同二級部門分別管理，結果就造成了“大項套小項”。但是，從功能和用途來看，這又要求同一用途的專項資金不能過度細分，它既不利於專項轉移支付的分配管理，也不利於項目在地方和基層的組織實施。
財政資金的“部門化”和“碎片化”也明顯衝擊了各級政府財政預算分配權的統一。從專項轉移支付的分配管理來看，雖然是財政部門和業務部門共同管理，但由於專項轉移支付涉及類型和領域繁多，財政部門缺乏相關領域的專業信息和業務知識，因此業務部門在這個過程中就擁有了很大的控制權。尤其是，除部分民生支出外，目前專項轉移支付中仍然有大量資金需通過“項目法”分配，這進一步擴大了業務部門對資金的分配管理權限。若是主要採用“因素法”分配，業務部門只需要負責收集審核相關客觀性因素指標信息，再彙總到財政部門統一完成資金撥付。若是採用“項目法”分配，則需要依賴業務部門組織複雜的項目申報評審，實際上是賦予了業務部門二次預算分配權，像發改委等本來就擁有二次預算分配權的單位就更甚，這直接衝擊了各級政府財政部門預算分配權的統一。
二是財政支出進度慢和效率低。中國大規模的自上而下的專項轉移支付，在主管部門層層規範化、程序化的管理過程中，在很大程度上造成了支出進度緩慢和效率低下。在很長時間內，由於大規模專項轉移支付主要依賴項目法分配，審批權也集中在中央部門，導致年初預算時大量專項轉移支付無法明確到具體地區和項目，需要等年中預算執行時進行細化分配。結果，大量專項轉移支付資金都堆積到下半年才能撥付支出，甚至造成大規模的資金結轉結餘。專項轉移支付到達地方政府後，也還需要再經過層層審批分配，進而在各層級政府中長時間“滯留”，導致其最終到達基層政府的時間太晚，嚴重影響資金支出進度和效率。
最近幾年，中央一方面要求各層級政府要加快專項資金審批和撥付進度，減少資金在中間層級政府的“滯留”時間。中央明確指出：除據實結算等特殊項目可以分期下達預算或者先預付後結算外，中央對地方一般性轉移支付在全國人大批准預算後30日內下達，專項轉移支付在90日內下達。省級政府接到中央轉移支付後，應在30日內正式下達到本行政區域縣級以上各級政府。但實際上，中央財政資金達到地方各層級政府後，往往還是難以按照規定時間快速下達。為此，自2020年起，中央又推出了項目資金的“直達”模式，即中央下達的部分專項資金直達到縣、市基層政府，以提高資金支出進度和效率。中央“直達”資金按照“中央切塊、省級細化、備案同意、快速直達”的管理和分配機制，重點用於保民生、保就業、保市場主體方面，2020年資金規模達1.7萬億，2021年達到了2.8萬億。截至2021年5月，中央下達直達資金2.579萬億元，下達比例92.1%；省級財政已分配下達2.362萬億元，達到了中央財政下達的91.6%。其中，按照有關規定，省本級使用了0.869萬億元，下達市縣1.493萬億元，市縣財政接到上面直達資金指標後，已將1.428萬億元分配到資金使用單位，達到省級下達的95.6%。顯然，財政直達資金機制確實有效提高了資金支出進度和效率，但是它能使用的範圍仍然有限，主要還是限於那些能夠直接補助到個人、家庭和企業的支出項目。其他大量專項轉移支付，仍然面臨著支出進度和支出效率的考驗。
但是，需要特別指出的是，項目制這種“部門型”項目管理模式的一些弊病，在一定程度上具有內生性和結構性，我們不能期待簡單通過政策改革來畢其功於一役。比如，中國的公共支出結構，就在很大程度上影響專項轉移支付的分配管理方式，但它卻是由中國社會經濟發展模式和發展階段決定的，不可能在短期內隨政策改革而發生根本性的變化。又如，中國中央和地方政府的組織規模也是由新中國成立後長期歷史演變所形成的，中央政府組織規模偏小的結構特徵也很難在短期內發生大的變化。一旦深入到這些結構性層面，就提醒我們既要充分認識到項目制及其管理模式的弊病，也要對相關制度變革和結構變遷保持必要的歷史耐心。
分稅制改革後，國家財政汲取效率明顯上升，中央政府財政能力顯著增強。在世紀之交，兩方面因素共同作用，推動了項目制的形成。一方面，中央大力推動了公共預算體制改革，各級政府形成了以部門預算為基礎、項目支出為核心的公共預算體制，這直接推動了各級政府公共支出的“項目化”。另一方面，隨著中央財政能力實質強化，中央在平衡區域發展差異、引導地方政策導向等方面發揮的主導作用日益強化，專項轉移支付成了一個最主要的政策工具。中央專項轉移支付和各級政府的部門預算體制互相組合形塑，形成了項目制這一新型國家治理體制。
可見，項目制是在分稅制改革後，尤其是新世紀以來二十多年的國家治理變遷中逐漸形成的，它不是簡單的國家政策選擇的結果，而是由中央和地方關係等諸多結構性因素塑造的。首先，中國作為一個廣土眾民的國家，其社會經濟發展存在嚴重的不平衡問題，這在區域、城鄉和人群間都有多方面表現。新中國成立以來七十多年的治理理念和實踐，又賦予了共同富裕以特殊的正當性，因此中央政府在中國承擔著巨大的均衡地區、城鄉和人群間發展差距的責任，即不可避免的要承擔大量的再分配職能。其次，由於中國中央政府組織規模偏小，中央本級直接支出佔比也很小，大量中央事權、中央和地方共同事權，不得不直接或間接委託給地方政府具體執行。這些委託事權或共同事權，在執行中還必須體現中央政策意圖，這使得大規模專項轉移支付就基本不可避免，同時還產生了部分中央直接項目支出變相委託給地方執行的情況。再者，中國從計劃經濟向市場經濟轉型後，一直到目前為止，中國公共支出結構仍然是一個民生支出和經濟事務支出的“雙強格局”，經濟事務支出規模大，使得公共支出的預算難度大大增加，尤其是中央到地方轉移支付中的經濟事務支出，預算和分配難度更大，進而使項目法成了專項轉移支付分配中的一個重要方法，這也是滋生項目制諸種弊端的關鍵因素之一。
項目制採用了一種“部門型”項目管理模式，這是在中央對地方大規模轉移支付實施20餘年，以及國家公共預算改革推行20餘年的過程中，逐步摸索形成的。黨的十八大以後，中央以釐清中央和地方間財政事權和支出責任劃分為核心，進一步從理論和制度上對財政轉移支付體制進行了改革完善，但並未有意推翻和改變已有的“部門型”項目管理模式，而是進一步完善規範了這一模式。總體來看，“部門型”項目管理模式雖然在後續改革過程中可能還會進一步調整，但其基本框架、核心精神應該說已經基本定型。
當前，從國家治理的角度看，自上而下的專項資金是項目制的一個關鍵部分，也是“部門型”項目管理模式的典型代表。在這種管理模式下，項目根據中央和上級政府的政策意圖，在自上而下的部門內部相對封閉的流動和管理，一直到項目組織實施的基層政府。中央試圖通過規範化、技術化的項目管理模式，將自身的政策意圖跨層級的傳遞到地方和基層，甚至直接對接到最終的項目主體，大量直接補助到個人和家庭的民生支出就是典型例子。這種從中央跨越多箇中間層級政府，直接將政策意圖傳遞和明確到基層甚至最終政策目標群體的做法，明顯超越了中國多層級政府結構中下管一級的常態治理模式，確實在一定程度上重新塑造了中央和地方間關係。同時為了確保上述政策意圖的實現，中央強化了專項資金在各層級政府部門流動和管理過程中的監控，以防止資金跑冒滴漏，最大限度確保資金安全。也正是因為專項資金要“艱難”地越過多層級政府，要不斷承載中央到地方各層級政府相關主體的多種意圖，這就必然造成了專項資金分配和支出過程中的碎片化和低效率。
但是，自上而下的項目制形態，在通過漫長的相對封閉運行越過多箇中間層級後，它的最終組織實施，還得依賴地方和基層政府的統籌協調。也就是說，它還得必須通過基層政府與地方社會相結合，並與基層政府自身的公共預算相融匯，最終由地方和基層政府對這些上級各條線下達的多樣化項目進行重新排列組合和落地實施。在項目制的組織實施過程中，已經形成了“以縣為主”的格局，縣級政府扮演著樞紐性的角色。因此，如何從政府內部，深入分析和揭示項目制在縣級政府內部的重新排列組合過程和機制，是項目制研究亟需解決的難點。
