清口樞紐水工分佈圖（圖源：“中國大運河博物館”微信公眾號）
黃河奪泗入淮以後，淮安以上的運道與黃淮水系由於黃運合一和水利工程方面的濟運與避運，以及相關的改河和築堤，其水系結構發生了重大的變化。影響這一結構的主體是黃河下游的決口與分流。明前期，黃河沿襲了元代河道多股並流、迭為主次的特點，洪水季節多股分流，枯水季節單流；到明末，多股分流發展到繫於一線，官方水利重點發生了一個自北向南、由面到線，最後集中於清口的過程。這一變化過程非常複雜，牽涉到黃河、淮河和運河的一系列自然河道與治水工程的變遷。從黃河分支分流到洪澤湖的形成，從黃河築堤到運河路線及閘壩體系的變化，都是一系列水環境變化和水利工程的結果。在水利工程的推動下，黃淮水系從散流到集流。研究這一過程中水文與水系的動態關係，對目前大運河水文與水利史的研究有著重要學術意義，對大運河的活體承傳建設也有積極的現實意義。
這一區域黃淮運水系的研究成果主要集中於水利史學界和歷史地理學界，姚漢源和鄒逸麟等老一輩學者對這一區域的河道變化和水利工程做過詳細的考察。水利史的研究主要集中於河道治理和閘壩體系建設方面，傳統歷史地理的研究主要集中於河道的變遷，而對水環境變化對河道與水利的影響，仍有進一步探討的學術空間。本文從整體的水系與水環境變動出發，對黃淮運大範圍的水環境的互動角度進行探索，其中的許多問題仍需要正本清源，要從當時治水諸臣對水環境的認知進行全方位的分析。本文還試圖對黃淮運歷史上的一些重要問題作更詳細的、多因素的整體考察。
元中期至明初的黃河下游大約分為三支。1234年河水南決後，以入渦河為主流約六十餘年。大德年間（1297—1307年），主流向北移，北支成為主流，由濟寧、魚臺等地入徐州以下運河。明洪武后期，河道又南趨潁、渦。從元大德至明洪武末約百年間，黃河以滎澤為頂點，向東成扇形氾濫，這期間主流先自南向北擺動數十年，後自北向南擺動亦約數十年。到明代，黃河與運河在徐邳段合一。明代早中期，黃河主流由潁、渦入淮，徐州以下運河的關鍵區段，徐州洪和呂梁洪，常患水淺。黃河東泛時，可以衝擊徐州以北段的清水運河；黃河河道南移時，黃運合一段或因無水補充，難以為繼。即使到明末，上游決口分水，來水減少時，此區域也會出現水淺阻運的問題。
明代早期，官方在河南和山東地區不斷地引黃河水入運濟漕。在河南，或疏浚故道，或開渠分水灌注徐州以南地區；在山東，則在水勢緩處立口岸，北灌臨清，南灌濟寧。黃河也南北擺動，洪武二十四年（1391年）黃河入淮為大黃河，支流出徐州才為小黃河，小黃河即成為通運的支流。正統十三年（1448年），黃河趨沙灣故道為主流，徐州水小，即影響運道，官方因此須動工疏浚。永樂年間（1403—1424年）黃河在原武、陽武、開封一帶東北向決口時，黃河衝運，造成運河受阻。開封至山東，地勢平坦，北決頻繁，時常阻運。為了保護漕運，官方以疏浚開封下游支脈河道為主，極力使黃河南行，減少其北決阻運。明初時，決口北流佔了上風，南流較次。“明初黃河分六道，出滎陽者，至壽州入淮；出祥符者，至懷遠入淮；出長垣者，至陽穀入漕；出歸德者，至宿遷入漕；出儀封者，由新集、趙家圈經蕭縣北至徐州北小浮橋入漕，此河流經徐之始也。”由新集入漕的這一道，是長期以來的黃河故道。為防止黃河衝運，官方導黃河南行的方式往往是築壩改流。永樂三年（1405年），官方開山東段會通河，黃河決口之水“會汶水，經徐、呂二洪南入於淮”。黃河在徐州與會通河合，漕運大通，官方遂罷海運。以後，徐州上源決口引起北向衝運，臨清以南運道淤積。弘治三年（1490年）白昂上書言：“上源決口，水入南岸者十三，入北岸者十七。南決者，自中牟楊橋至祥符界析為兩支：一經尉氏等縣，合潁水，下塗山，入於淮；一經通許等縣，入渦河，下荊山，入於淮。又一支自歸德州通鳳陽之亳縣，亦合渦河入於淮。”北流或南流，都有相當的不確定性，北流不單衝運，也使得黃運合一段缺水，漕運難行。
黃運合一的運道需要黃水濟運，這使得這段河道成為明代運道非常脆弱的一段。萬恭在《治水筌蹄》中言：“夫徐、呂至清河入淮五百四十里。嘉靖中，河身直趨河南孫家渡、趙皮寨，或南會於淮，或出小河口，而二洪幾斷，漕事大困，則以失黃河之助也。今欲不賴之而欲由禹故道，則弱汶三分之水曾不足以溼徐、呂二洪之沙，是覆杯水於積灰之上者也。焉能盪舟二洪，而下經徐、邳，歷宿、桃，河身皆廣百餘丈，皆深二丈有奇，汶河勺水，能流若是之遠乎？能濟運否乎？故曰：我朝之運，半賴黃河也。”官方處理黃河改道或決口時，必須顧及徐州一路。這一路與早期的汴河有一致之處。黃河決口可以衝擊徐州以北的運道，治河者面臨著複雜的治黃與治運難題。潘季馴言：“夫治河之策，莫難於我朝，而亦莫善於我朝。蓋自宋元以前，惟欲避河之害而已，故賈讓不與河爭之說為上策。自永樂以後，由淮及徐，藉河資運，欲不與之爭，得乎？此之謂難。然以治河之工，而收治漕之利，漕不可以一歲不通，則河不可以一歲不治。一舉兩得，乃所以為善也，故宋元以前，黃河或北或南，曾無寧歲，我朝河不北徙者二百餘年，此兼漕之利也。”元時黃運分隔，黃河氾濫引起一般性水災，到了“藉河資運”的時期，治河等於治運，這需要更加細緻、更為準確的水情把握。“前代河決，不過壞民田廬，至明則妨漕矣。”明代的黃運合一，使得這一區域的治理有著更大的意義。
黃河南泛潁、渦之時，徐州以東徐州洪和呂梁洪兩處險灘，常患水淺。黃河集中於徐邳一線時，若上游決口，水洩於外，也引起徐、呂二洪的淤淺。朱衡言：“自景泰以後，黃河入運奪漕為河，緣是河身浸廣，淤沙歲積，不得不借黃河以行，故今徐邳之漕河，即黃河也。歷考往代，河趨濟、博則決曹、單、魚、沛，而沽頭上下，諸閘盡廢。趨邳、遷，則決野雞岡口；下亳、泗，而徐、呂二洪頓涸。”徐州以上段黃河決口，徐州以下也會出現運河水枯竭現象。徐邳段的黃運合一，使得明政府的治河之策皆以挽河南行入于徐邳為主。“河利於北而不利於南徙，今則餉事大半仰給江南，而江南之舟泛長江歷淮而北，非河以濟之，則五百四十里當陸運耳，京師若何？故治水者必不可使北行由禹之故道，必約之使由徐、邳以救五百四十里餉道之缺。”河入徐邳，黃運合一，決口之水可以接濟山東段清水運河，主流則保證徐州以下黃運合一河道。
正統十二年（1447年），黃河先是北向，決張秋沙灣入海，又“尋決滎澤入淮”。這是一種典型的忽南忽北的狀態。氾濫區域從北到南，涉及一個很大的範圍。官方的治河態度是塞北向決口。“至景泰初，先臣徐有貞塞之，河乃復渦河，東入淮亦不聞病及祖陵也。嗣後又行之二十餘年，至弘治二年（1489年），河復北決，衝張秋。先臣白昂、劉大夏相繼塞之，復導河流，一由中牟至潁、壽；一由亳州渦河入淮；一由宿遷小河口會泗。時則全河大勢，縱橫於潁、亳、鳳、泗之郊，而下且漫溢於符離、睢、宿之境矣。”
白昂治河時，他挽河南行，以潁、渦、澮諸河會黃入淮。弘治初年，“西南高阜，東北低下，黃河大勢，日漸東注，究其下流，俱妨運道”。黃河南下逐步改變了這一區域的地勢。禮科給事中孫儒奏：“黃河自國初以來，雖遷徙不常，然其勢北高南下，至成化間始南高而北下。”還不到一百年，黃河南泛已經引起了地勢變化。為保運，官方逆勢筑北岸，強力疏河南下，保證黃運合一段的水量。白昂治河時，筑陽武長堤以防張秋漕河被衝，引中牟決口河以達泗州，對決口河沿古汴河的區域實行北堵南疏，大致在曹縣南部、虞城至徐州一線形成新的通道（圖1）。北堵，就是黃河以北修築堤壩，防止河水北漫；南疏，就是在黃河南岸地區廣挖河渠以疏引水流，將黃河南岸幾條水道連接起來，引黃河水經淮河入海。白昂引中牟決口之流出滎澤陽橋入淮，“浚宿州古汴河以入泗，又浚睢河自歸德飲馬池，經符離橋至宿遷以會漕河，上築長堤，下修減水閘。又疏月河十餘以洩水，塞決口三十六，使河流入汴，汴入睢，睢入泗，泗入淮，以達海”。弘治六年（1493年），隨著劉大夏的進一步治理，南流河道固定於潁、渦、汴三道。三道並流一直維持到嘉靖前期。劉大夏治理以前，黃河自清河入淮，“大夏治之，自宿遷小河入淮，則北三百里矣，已又北三百里至徐州小浮橋入淮”。自入小浮橋入運，就是至當時的徐邳黃運合一段。徐州上游主流復歸蘭陽、考城。黃河“逕徐州、歸德、宿遷，南入運河，會淮水東注於海”。劉大夏的治法是北堤南分：北部築堤，免黃河北決犯會通河，南岸挑浚數道支河分流。北流不斷被隔，南流不斷集中。弘治三年（1490年）開始，黃河的南行通道在近50年的時間內，以汴河為幹流，汴、渦、潁三道並行。筑北堤時，築斷黃陵岡，從“荊隆口之東西各計二百餘里，黃陵岡之東西各三百餘里，直抵徐州，俾河恆南行故道而下流張秋可無潰決之患”。南行諸河道無堤或弱堤，正德、嘉靖年間，黃河南岸的堤防處於未構築狀態。經過白昂和劉大夏的治理，北流逐絕，南路多流，以一淮承黃。從宣德到弘治年間，下游路線大致有九支，北部三支，中部三支，南部三支。嘉靖十年左右，黃河北決兩支出徐州，主流則由魚臺、谷亭入運河，北河北擺已至極限。向南分流入潁入渦也無大效果。有人認為南路分支影響鳳陽祖陵，向南分水的治河方案受到控制。嘉靖中期，南岸支流眾多，分水黃水，徐州以下水源不足，為保黃運，治河者盡力使黃河出徐、邳，奪泗入淮，走中線。嘉靖後期，黃河又開始南徙北擺。
圖1 明代早期的黃河決口分流路線（資料來源：底圖為水利部淮河水利委員會、中國科學院南京地理與湖泊研究所編：《淮河流域地圖集》圖組3“淮河流域主要河道與湖泊變遷圖·南宋元明時期”，科學出版社1999年版。參照《中國歷史地圖集》第7冊《元·明時期》“南京（南直隸）圖”和“河南圖”，中國地圖出版社1982年版1996年第2次印刷，第47—48、57—58頁；姚漢源：《中國水利史綱要》圖6⁃10“明永樂至嘉靖（1403—1566年）黃河氾濫入淮、入運示意圖”，水利水電出版社1987年版，第348頁；鄒逸麟：《中國歷史地理概述》圖4⁃5“歷代黃河下游河道變遷形勢圖”，上海教育出版社2007年版，第39頁。）
總體來看，弘治前期北向引黃濟運，弘治後期分黃保運。黃河時而北決，多股入運；時而南決，多股入淮，最多時六股入運。因散流過多，黃運合一段經常缺水，不能載舟。弘治十一年（1498年），黃河分流，黃運段借黃河支流而行。謝緝言：“黃河一支先自徐州城東小浮橋流入漕河，南抵邳州宿遷地方，水利通行，河無淺阻，往來船隻省盤剝之費。今黃河上流於歸德州小壩子等處沖決，與黃河別支會流，經宿州、睢寧等處，通由南宿遷小河口流入漕河，其小河口北抵徐州，水流漸細，河道淺阻，又呂梁、徐州二洪，全賴沁水接濟。”黃河分流，徐邳段運河水流漸細，河道淺阻，需沁水接濟。弘治十三年（1500年），宋濂倡導分流，“河流分而其勢自平，此治河上策。又謂：宜復黃河古，分其半使之北流，近日智謀之士所見亦同”。
嘉靖以前，黃河散流程度高，官方築堤也相對少。景泰四年（1453年）河南右都御史王暹奏：“黃河舊從開封北轉，流向東南入淮，不為害。自正統十三年，改流為二，一自新鄉八柳樹決，由故道東經延津、封北入沙灣，一決滎澤，漫流原武，抵開封、祥符、扶溝、通許、洧川、尉氏、臨潁、郾城、陳州、商水、西華、項城、太康等處，沒田數十萬頃，而開封為患特甚，雖嘗於城西沿河築小堤，內又築大堤，皆約三十餘里，然沙土易壞，隨築隨決，往歲久雨已沒小堤，今歲復壞大堤之半，不即修塞，必及城垣。”南決入淮，黃泛的危害性較輕，南行諸道基本上無堤防。開封府周邊“築堤護城，其來蓋已久矣，夫土疏，固易遷徙；而流雜泥沙，又易淤澱。以故水載高地，堤日增而城益下也”。河決區域的土質條件使堤防無法持久，河道周邊淤積發展，南流諸道逐漸難以成為主流。正德四年（1509年）的《明武宗實錄》載：“自弘治七年（1494年）修理後，尚在清河口入淮，十八年（1505年）北徙三百里至宿遷縣小河口，正德三年（1508年）又北徙三百里至徐州小浮橋，今年六月又北徙一百二十里至沛縣飛雲橋，俱入漕河，因單、豐二縣河窄水溢，決黃陵岡、尚家等口，曹、單二縣田廬實多淹沒。”總體上講，因為“南行故道淤塞，水惟北趨，漸不可遏”，南行各線的黃河築堤開始加多。
正德十六年（1521年），工部官員龔弘言：“黃河自正德初，變遷不常，日漸北徙，大河之水，合成一派，歸入黃陵岡，前乃折而南出徐州以入運河，其黃陵岡原築三埽，先已決去其二。臣茲擬乘水落補，築一埽以備衝齧，又虞山陝諸水橫發，加以霖潦，或決二埽徑趨張秋，復由故道入海。”這時黃河仍有北決的趨勢，黃陵岡一帶還需加固。嘉靖初，黃河常決於清水運河西側的沛縣，對運河衝擊甚大。嘉靖五年（1526年）吳一鵬言：“清河以北，兗州以南，水勢彌茫，田廬淹沒。請訪求渦河湮沒等處，或浚故道以通其流，或開支河以分其勢。”南行渦河，需要尋求渦河故道以行分流，正說明南行地勢之難。大學士費宏言：“我朝河勢南趨，自入河南汴梁以東分為三支，由亳、潁等州地方渦河等處，或出宿遷小河口，或從懷遠縣至泗州出淮河，其勢既分，故雖有沖決之害，亦不甚大。正德之末，聞渦河等河日就淤淺，黃河大股南趨之勢既無所殺，乃從蘭陽、考城、曹、濮地方奔沛縣之飛雲橋、徐州之溜溝等處，悉入運河，氾濫彌淪，茫無畔岸，自徐州至清河，一望皆水。”黃河決口可以入邵陽湖，邵陽湖承受決口之淤，故此處運河為清水運河。黃河水入邵陽湖時，“河之出飛雲橋者，漫而北，泥沙填淤，亙數十里，管河官力浚之，僅通舟楫”。當時的各方大員基本上提倡分疏黃河之說，而這種分疏，對運河，特別對邵陽湖的淤塞，產生了持續性的作用。
嘉靖年間，黃河的多道入運在官方治理的環境下有合一的趨勢。當時的東南諸分流大致分為五道，“今諸道皆塞，惟沛縣一道僅存，所謂合則勢大，而河身且狹，不能容納，故溢出豐、沛、徐為患。近又漫入邵陽湖故，流緩沙壅，運道遂塞”。有人認為應開一道河道以入徐、沛，同時在邵陽湖大起堤防以防沖決。嘉靖七年（1528年）潘希言：“近沛漕沙淤，旋挑旋塞，蓋由秋水泛漲，黃河奔衝所致。嘗考河流故道非一，其大而要者有三：一，孫家渡經長淮衛趨淮入海；一，趙皮寨經符離橋出宿遷小河入海；一，沛縣飛雲橋經徐州趨淮入海。”第一條和第二條為上流之支河，第三條為下流的支河。“弘治以前，三支分流，會於淮而入於海，故徐、沛亡患，漕渠不淤。今上流二支俱就湮塞，全河東下，並歸於飛雲橋一支，下束徐、呂二洪，上遏閘河流水，溢為遊波，茫無畔岸，於是決堤壅沙，大為漕患。”官方認為宜在濟、沛間“加築東堤以遏入湖之路，更筑西堤以防黃河之衝，則水不散緩，而廟道口可永無淤塞之虞”。這一階段，官方一般開趙皮寨河道以分水勢，同時又疏支河，增加築堤。徐州以上河道有合一趨勢，官方欲固定下游沛縣至飛雲橋至徐邳的河道。“宜疏支河以殺其勢，築長堤以防其衝，然後挑通沛漕，自無復淤之患。”
嘉靖十一年（1532年）八月，總理河道御史戴時宗言多流泛濫的情況。“黃河水溢魚臺，議者皆欲尋復故道，臣竊以為未然。欲治魚臺之患，必先治所以致患之本；欲治致患之本，必委魚臺為受水之地，河之東北岸與運道為鄰。惟西南流，一由孫家渡出壽州，一由渦河出懷遠，一由趙皮寨出桃源，一由梁靖口出徐州小浮橋。往年四道俱塞，而以全河南奔，故豐、沛、曹、單、魚臺以次受害。今不治其本而欲急除魚臺之患，恐魚臺之患不在豐、沛，必在曹單間矣。”曹、單之間黃河東奔，官方上游分水，下游泛溢，魚臺因此受災。河臣們建議上游築堤，使黃河諸道很快集於一線。嘉靖十二年（1533年），朱裳提議塞黃河口以開運道，將上游三大支黃流築塞，三支開則河流可去其七，餘三分則自梁靖口迤東由魚臺入運河。他認為應該借黃河水資運，築堤控制水道。“夫黃河自谷亭鎮轉入運河，順流而南，二日即抵徐州，逆流而北，四日乃抵谷亭。黃河之利莫大於此。但河流有北趨之勢，或由魚臺、金鄉、濟寧漫衍而至安平鎮，則運河堤岸為之沖決，或三支之水一有壅淤，則谷亭鎮迤南運河亦難保其不沖決也。二者非繕築堤岸，增其高厚，憂且不細。”這一年，官方開始思考集黃河於一線，築岸保運。嘉靖十三年（1534年），朱裳提出具體的區段，“今宜將魯橋至沛縣東堤一百五十餘里修築堅厚，相其要害，固之以石，洩之以壩，自城武縣至濟寧州，創築縷水大堤百五十餘里，以防北溢。魚臺縣至谷亭鎮，開通淤河引水入漕，以殺魚臺、城武之患，此所謂順水之性，不與水爭地者也”。
嘉靖十三年底，過趙皮寨的黃流突發旺盛，東流漸微，“梁靖岔河口東出谷亭之流遂絕”，濟寧至徐州段黃運河道因淤而阻。十四年（1535年）劉天河治河，他在上游疏水，也看到了因上游分流而引起的運河缺水。“今趙皮寨河日漸衝廣，若再開渡口併入渦河，不惟二洪水澀，恐亦有陵寢之虞。”他認為不必分疏黃河入渦河入淮，應全力築堤維繫入徐黃河的水源。蔡石岡也肯定了黃河南徙的益處：“黃河南徙，國家之福，運道之利也，當衝郡邑作堤障之。不壞城郭已矣；被災軍民免其租役，不至流徙已矣。”束水南向固然有益，但決口在徐邳以上，徐、呂二洪仍會缺水。嘉靖十八年（1539年），睢州與考城縣的地方開孫繼口和孫祿口各黃河支流，上源水勢分殺，下入于徐、呂二洪的水源自然不足。嘉靖十九年（1540年），河決野雞岡，由渦河入淮，南分之後，“（徐、呂）二洪大涸”。王以旂開李景高支河一道，引水出徐濟洪。周金、郭持平二人塞野雞岡決口，浚李景高口，由蕭縣至徐州小浮橋六百里河道，由此以後，渦河故道堙。入小浮橋這一道，逐步使黃河集於徐邳一線。王以旂又開浚山東諸泉入野雞岡新開河道以濟徐、呂，在沛縣以南筑長堤束水。次年，郭持平又浚三河口，使水入徐、呂濟運，這便使多流向一流發展。嘉靖二十一年（1542年），官方又浚野雞岡上流李景高等口，形成支河三道，東注以濟徐、呂二洪。嘉靖二十四年（1545年），“河由野雞岡決而南，至泗州合淮入海”。嘉靖二十二年（1543年）時，王以旂曾認為應該在重點河段，特別是徐、呂二洪的運道咽喉處置閘束水，“各建石閘，旁留月河以洩暴水”。嘉靖二十五年（1546年）以後，“南流故道始盡塞，或由秦溝入漕，或由濁河入漕，五十年來全河盡出徐邳，奪泗入淮，而當事者方認客作主，日築堤而窘之，以致河流日壅，淮不敵黃”。隨著運口的治理，徐邳一線的黃河，在上下游逐步固定，這是從面到線的過程。
總之，嘉靖二十五年是河勢變化的重要轉折點，經潘季馴治理，這一集中趨勢進一步發展。徐州附近河道在不斷淤塞和沖決之後，形成固定的河道。“先是嘉靖三十二年（1553年）以前，黃河由小浮橋後徙，由沛縣飛雲橋繼由徐州大小溜溝以入閘河，四十四年（1565年），河大決，改由秦溝出口，以致茶城歲患淤淺，至是復南趨小浮橋故道。”當時潘季馴主張復新集以及郭貫樓故道，而朱衡則主張開寬秦溝，使南北並流入秦溝，出小浮橋。最後朝廷採納朱衡的意見，築土堤一百九十里，石堤三十里，截斷北股各支併入南股入秦溝，河流歸於一道。朱衡這樣分析上游的水文形勢：“河出境山以北，則閘河淤；出徐州以南，則二洪涸；惟出境山至小浮橋四十餘里間，乃兩利而無害。自黃河橫流，碭山、郭貫樓支河皆已淤塞，改從華山分為南北二支，南出秦溝，正在境山南五里許，運河可資其利；惟北出沛縣西及飛雲橋，逆上魚臺，為患甚大。”
他開南陽新道，自魚臺、南陽抵沛縣、留城，一百四十餘里。經過長期的治理，河道逐步固定下來，這就是現代地圖上的廢黃河。
徐邳一線固定以後，決口點從一個扇面向一線集中，決口最初在徐州上源，因為束水集流所形成的水流加速主要發生在下游，上游流速較慢，慢而易淤，形成決口。運口附近的河道在此以後仍然不斷地變化。秦溝和濁河是嘉靖二十五年的運口通道。嘉靖三十七年（1558年），黃河“忽向東北衝成大河，而新集河由曹縣循夏邑丁家道、司家道出蕭縣薊門，由小浮橋入洪。七月，淤凡二百五十餘里，趨東北段家口析為六股，曰：大溜溝、小溜溝、秦溝、濁河、胭脂溝、飛雲橋，俱由運河至徐洪”。這一年，由小浮橋到徐洪二險地段分為十一股。這時期，徐州入運區域的河道非常複雜，經過築堤和加固，才形成小浮橋入運的河道。嘉靖末年，黃河決口東衝運河不斷髮生。“北高南下，勢若建瓴，淮弱黃強，時有衝阻。弘、正以前，姑不必論，嘉靖末年，河道日益多故。歸德而下丁家等口，忽然衝塞黃水，不從小浮橋故道達徐，初徙於溜溝，再徙於秦溝，三徙於濁河口，於茶城相近，全河逆行。至嘉靖四十四年，徐邳一望瀰漫，不辨州里。尚書朱衡改建南陽新河，運道復通。自老黃河故道既失，雲梯海口未疏，隆慶年間河決於崔鎮，淮決於高堰、寶應、興、鹽等州縣，遂成巨浸，水泛沙停，轉運甚艱。”
面對這樣變化多端的決口河流的狀態，河臣們所關注的，是尋求通道的固定化。向小浮橋一帶的通道，弘治之前常有變化。“河道常虞，其乾涸有妨漕運，嗣後更甚。當潘宮保治河時，據徐州碭山鄉民呈稱：老河故道，自新集歷趙家圈、蕭縣、薊門出小浮橋，一向安流，名曰銅幫鐵底，後因河南水患，另開一道出小河口，本河漸被沙淺，至嘉靖三十七年，河北徙，忽東忽西，靡有定向，水行河底，即是平陸。”基於對此故道銅幫鐵底的認知，潘季馴欲復此故道，但在嘉靖末和隆慶年間，河再次決於沛縣，朱衡上書言另一通道，即境山至小浮橋河段的益處。“古之治河，惟欲避害，而今之治河，又欲資其利，故河流出境山以北，則閘河淤出徐州以南，則二洪涸，惟出境山至徐州小浮橋四十餘里間，乃兩利而無害。自黃河橫流，碭山、郭貫樓支河皆已淤塞，改從華山分為南北二支，南出秦溝，正在境山以南五里許，此誠運河之利也。”他不認為河復故道是正確的辦法，復故道只是將“魚、沛之禍復移蕭、碭”，這時期的河決多在徐邳與沛縣之間。隨著上游的固定，決口區域已經明顯下移。決口下移後，潘季馴便在下游築堤束水，並很快得到了一部分人的認同。張純“請自徐邳至淮，繕治兩涯，增高倍薄，仍築遙堤以防不測”。“工部是其議，請命都御史潘季馴勘詳以聞，已而季馴言築堤之法有二，近者所以束湍悍之流，遠者所以待沖決之患，皆為上策。”隆慶五年（1571年），河複決邳州，“自曲頭集至王家口新堤多壞”。這一年，潘季馴又一次全面地治理河堤。隆慶六年（1572年），雒遵言：“自茶城以西至開封府界為黃河之上源，南北兩岸長堤多缺，北徙則新河有妨，南徙則二洪告竭，且虞陵寢。宜於北岸接築古長堤以遏豐、沛之衝，南岸續舊堤以絕南射之路。”另外，就在這一年，朱衡築徐州至宿遷長堤三百七十里，並繕治豐、沛大黃堤，張守約同樣也在這個基礎上提議修築茶城以上到曹縣的堤防。朝廷對這些築堤之策都表示同意。雖然在河復故道方面難以形成統一意見，但上下對築堤達成了一致。
萬恭對區域的水文互動有一定的整體性認識。“徐、邳之患，由邳河之淤，邳河之淤，又由先年河行房村口，近年曲頭集口，旁流既急而盛，正流必緩而淤，而徐、邳之水患博矣。然河患不在徐、邳，必在河南；不在河南，必在徐、邳。嘉靖以前，河經河南，河南大患。九重拊膺，百工蹙額，思與河南圖一旦之命，策力畢舉，竟莫支吾，而河南適有天幸，河並行徐、邳，而後河南息二百年之大患。”他說得很明白，徐邳一線集流以後，河南河患減少。萬恭還指出，徐州地勢具有隆擁的特點，節高一節，決口也因此與地勢有關。“往年黃河盛溢之時，則上漫濟寧，其魯橋諸閘皆為淹沒，而淮水亦幾浸城。後水勢少降，則魚臺以出谷亭；再降則由飛雲橋以出沛縣，而淮水亦以次漸小；又降而出徐州小浮橋，則淮水亦漸平矣。近年黃河之水日微，故小浮橋之水淤塞，宿遷、桃源二小河亦塞，今淮安河口合流入海之處，可以褰裳而涉也，此徐水之通塞，實本於黃河之嬴縮。”水勢降則決口區域愈向下遊，水流速度在低地下降，下游淤積增加，決口增加。
面對決口的增加，官方又有疏海口之議。隆慶、萬曆年間，有人發現海口“廣三十里，望之無際，冬中洲渚微見，海中潮長，則煙霧波濤極目耳。舟從何系？人從何依？工從何施？且清河之流甚駛，海口即淤，清河當上行矣”。就是說海口不必疏，黃河自有其通道，可以在高地行洪。萬恭認為無法浚海口：“古無浚海者，有由然哉，而怨淮水罪海口者，謬矣！”浚疏海口是長期以來疏導治河思想的體現，現實中卻不可行。這一階段，南出渦水的水流逐步斷流。海口積沙因上游束水，水流加速，泥沙不沉於上游而積淤於海口所致。河臣終於開始發現海口之疏沒有意義。嘉靖三十二年吳鵬等言：“比年淮徐水患，議者謂海口積沙壅閼下流所致，今臣親歷其地，販鬻之舟，往來無滯，乃知積沙之說出自傳聞，無容議矣。”
嘉靖末年和隆慶年間，官方進一步在黃河上游築堤，加強堤防。隆慶六年萬恭言：“徐州以上河廣，廣則水有所匯而縈迴；徐以下則河狹，狹則水無所容而泛溢。故欲河不為暴，莫若令河專而深，欲河專而深，莫若束水急而驟，束水急而驟，使由地中，舍堤別無策。前都御史潘季馴議開一百里故道，給事中雒遵議築三百里長堤，人情洶洶，謂堤費且無益。”他言及章時鸞築虞城以上的黃河南堤，“自蘭陽縣趙皮寨至虞城縣凌家莊長二十九里有奇”，這種築堤進一步固定了黃河河道，使這一黃河穩定地入徐邳運河。至於北堤，也有議論。“先議興築南北並峙，若南強北弱，致則勢必北侵，張秋等處可虞；北強南弱，則勢必南溢，徐、呂二洪可慮，又恐佔民膏腴，致生諮怨。”南堤與北堤形成的堤防系統，更加強了劉大夏以來的防禦體系，黃水更加難以北溢。“先年黃河北徙，溢入運河為患，接筑前堤，護一時也。近自接連縷堤頭，通築長堤，黃水再無空隙可以北徙。”
在不斷修築堤防過程中，河臣們逐步認識到小浮橋故道的優勢，並加強引導黃河入此道的堤防建設。尹瑾言：“徐北黃河，舊由蕭縣出小浮橋入運，小浮橋河深近洪，能刷洪以深河，實利運道。嘉靖四十五年（1566年），河決邵家口，出秦溝入運，秦溝河淺，近閘每積淤以塞河，實害運道，今幸復趨小浮橋，且議修築行縷二堤為之捍禦，而邵家壩為秦溝舊口，亦宜倍加修理，以絕秦溝上流。然有堤不守與無堤同，今徐北至單縣界，現修堤壩長一百五十餘里，而伕役止七百餘名，其何能濟？宜照徐南事例，每裡補足十名以備修守。”潘季馴欲復之故道，是從上源的新集故道開始，此故道河身深廣，下游變化較多。“一變而為溜溝，再變而為濁河，又再變而為秦溝，止因河身淺澀，隨行隨徙，然皆有丈餘之水，未若今之逾尺也。淺愈甚則變愈速。”他認為復此故道，對下游入小浮橋通道有益。“其利有五：河從潘家口出小浮橋，則新集迤東一帶河道俱為平陸，曹、單、豐、沛之民永無昏墊之苦，一利也；河身深廣，受水必多，每歲可免泛溢之患，虞、夏、豐、沛之民，得以安居樂業，二利也；河從南行，去會通河甚遠，閘渠可保無虞，三利也；來流既深，建瓴之勢導滌自易，則徐州以下河身亦必因而深刷，四利也；小浮橋之來流既安，則秦溝可免復衝，而茶城永無淤塞之虞，五利也。”
官方堤防區域變化，先成於上游，後成於下游。茶城以上的堤防建設將上游決口壓力轉移到下游。萬曆二年（1574年）鄭嶽奏：“國家借黃河為運道，上自茶城，下至淮安，五百餘里。乃茶城有衝淤之患，徐州有淹城之危，邳州有淤塞決口之虞，稽之歷年可考也。臣去年奉差經過淮安，正值水發之候，民居漂盪，詢之地方父老，皆言自嘉靖四十四年、五年，河水大發，淮口出水之際，海沙漸淤，今則高與山等。此沙既壅，自淮而上，河流不迅，泥水愈淤。其邳州之淺，房村之決，呂、梁二洪之平，茶城倒流之弊，皆由此也。”在這裡，地方民眾實際提出一個時間分界點，就是嘉靖四十四年（1565年），這一年，以一次下游地區的大水為標誌，表明河決開始集中於下游。吳應明在萬曆二十一年談到這一問題時，將這種轉變歸因於徐、呂二洪的改造。“黃高淮壅，起於嘉靖末年河臣鑿徐、呂二洪巨石，而沙日停，河身日高，潰決由此起。”
萬恭指出，宿遷以上和宿遷以下的築堤與地勢及河道水文有密切的關係。“黃河自宿遷而下，河博而流迅，治法宜縱之，必勿堤；宿遷而上，河窄而流舒，治法宜束之，亟堤可也。又徐、邳水高而岸平，泛溢之患在上，宜築堤以制其上；河南水平而岸高，沖刷之患在下，宜卷埽以制其下。”長期以來，治水者以疏導為天然合理之思想，萬恭以徐邳段築堤為便提出反駁意見。“徐、邳順水之堤，其始役也，眾譁，以謂黃河必不可堤，笑之！其中也，堤成三百七十里，以謂河堤必不可守，疑之！其終也，堤鋪星列，堤夫珠貫，歷隆慶六年、萬曆元年（1573年），運艘行漕中若平地，河漲則三百里之堤內束河流，外捍民地，邳、睢之間波濤之地，悉秋稼成雲，此堤之餘也。”在此之後，常居敬在萬曆十六年（1588年）提出了徐州以上河段與徐州以下河段運河防守的形勢差異。“我國家挽漕東南，全賴河渠。古洪以北，必資汶、泗諸水；徐邳以南，悉借淮、黃二瀆。河雖不同，利害相因，故理漕必先於理河，治黃即所以治漕，誠不可一日不講也。然徐州以上之河，恐其潰而入，有沖決之患；徐州以下之河，恐其潰而出，有漫散之虞。”潰而入，就是指潰決而入於運河；潰而出，就是指從黃運合一段沖決而出。徐邳以下河段在隆慶以來處於散漫沖決狀態。“隆慶以來，黃河決崔鎮等口，淮河決高堰等處，二瀆漫流，水緩沙淤，運道艱阻。”他指出了潘季馴以來的水流變化：“潘季馴創築遙堤，盡塞諸決，兩河複合，沙刷水深，運道民生均有裨益，徐邳以下河道賴之。”隆慶四年（1570年），黃河“自宿遷至徐州三百里皆淤，而坡反為河時，河水橫流，漕舟飄損八百餘艘，溺死漕卒千餘人，失米二十餘萬石”。萬恭言：“河自西而東，淮自南而北，會於清河口東南入海，夏秋海潮既盛，河水復湧，河不得入海，乃流入淮，淮不能容，則必沖決。”這時的沖決，已經開始集中於黃淮匯流區，也就是清口區域了。隆慶五年，潘季馴恢復了匙頭灣故道，築縷堤三萬餘丈。隆慶六年，朱衡和萬恭經理河道，在徐、邳河段築長堤，“正河安流，運道大通”。這時堤防大築，“自徐州至宿遷小河口三百七十里”皆築堤，豐、沛大黃堤也得到了修繕。
從隆慶二年（1568年）開始，茶城區域的河淤和運舟阻塞開始大量出現。潘季馴對此進行過詳細的總結：“隆慶二年黃河衝塞濁河，改至茶城與漕交會，茶城之稱自此始。隆慶三年（1569年），茶城淤閣重運，該總河都御史翁大立具題要從馬家橋經地浜溝至徐州子房山下另開新河，以避茶城之淤，續因黃落漕通，前議隨寢。隆慶四年，茶城填塞八里，內水漫由張孤山東衝出，翁大立具題就與張孤山開河。本年冬本河復塞，仍將茶城挑通，原議隨寢。隆慶五年，茶城淤淺，該臣先任總河，行委經歷韓柏部夫常川撈浚，運艘賴以無阻。隆慶六年，茶城淤阻，該總河萬恭行司道疏浚通行。萬曆元年八月，茶城淤塞，該工部題行總河衙門設法挑浚。萬曆二年，黃水倒灌淤漕三十餘里，該總河傅希摯集夫挑浚，前給事中吳文佳題將翁都御史原議馬家橋出子房山開河一道行，傅都御史勘得子房山前蝦蟇山西俱有伏石，馬家橋一帶俱系水佔，難以議開，前議遂止。萬曆三年（1575年）十一月，內黃水大發，茶城淤塞十里，調夫挑通。萬曆四年（1576年），茶城淤淺，糧運難阻，復開張孤山東以冀此塞彼通，至萬曆五年（1577年），二河俱淤，復開茶城正河通運。萬曆六年（1578年），茶城淤淺，徐州道參政遊季勳築過順水丁頭壩一十六道，束水沖刷。萬曆七、八、九、十等年（1579—1582年），淤塞尤甚，至十一年（1583年）間，該中河郎中陳瑛議呈漕撫尚書凌雲翼改漕河淤古洪出口，即今之鎮口閘河也，並建內華、古洪二閘，遞互啟閉，淤難深入，而去黃河口僅一里，挑浚甚易，人頗便之。萬曆十五年（1587年）秋，黃水大發，河與閘平，而棍徒段守金私受民船重賄，將牛角灣掘開，黃水迸入，淤塞甚遠。議者欲復歸德府丁家道口故道，使黃水盡出小浮橋，以免濁河內灌。該勘工都給事中常居敬看得閘河出口無往而不會黃，則無往而不受淤，豈從濁河則淤，而出小浮橋則否耶？”長期以來，黃河與運口的交匯區總是處於不斷的淤塞狀態。“大小溜溝淤矣，改而為梁山北淤亦如之；梁山北淤矣，改而為茶城淤亦如之；茶城淤矣，改而為張孤山東淤亦如之；張孤山東淤矣，復改而為茶城淤亦如之；茶城復淤矣，改而為古洪淤亦如之。”比較得當的辦法是置閘以處理。潘季馴言及萬曆十六年（1588年）常居敬的言論，“該臣題為：清黃交接處所，濁流倒灌易淤，懇乞特降綸音，以嚴閘禁事。要將古洪等閘，每遇黃水暴發，即下板以遏濁流之橫；黃水消落，則啟板以縱泉水之出。比照清江浦三閘啟閉之法，刻石金書，豎立各閘俾知畏忌。”一般而言，清黃交接的清口閘外，築軟壩以防其倒灌。倒灌不是由於河身過高，而是堤防之不立。“黃強清弱，隨處相接，則隨處倒灌，隨處淤塞。”潘提倡茶城之閘制要借鑑清口之閘制，清江浦和茶城，因倒灌淤淺可以移換置閘地點。
運河與黃河的關係因地點不同而不同，運河對黃河的防禦措施也隨之不同。朱衡言：“惟茶城至臨清，則閘諸泉之水為河，與黃河相近。清河至茶城，則黃河即運河也。臣故謂：茶城以北，當防黃河之決而入；茶城以南，當防黃河之決以出。防黃河即所以保運河。故自茶城至邳、遷，高築兩堤，宿遷至清河，盡塞缺口，蓋以防黃水之出，則正河必淤，昨歲徐、邳之患是也。自茶城、秦溝口，至豐、沛、曹、單諸處，創築增築以接縷水舊堤，蓋以防黃水之入，則正河必淤，往年曹、沛之患是也。”茶城以北，黃河衝擊運道；茶城以南，黃運合一，黃水出則運河失水，則因水慢流而易成淤塞。萬曆二年，吳文佳等言：“茶城為黃、漕交會之地，其勢必淤，而徐、邳堤近河深，其勢易決。”隨著治理的發展，淮安的清口一帶逐成為河防治理的中心。
潘季馴對黃淮運的治理，從一開始就表現出他對水文現象有清晰的理解，他治理的思想是束水攻沙，並以此形成整體制度體系。前人提倡築堤，往往沒有形成整體治理的意識，既築堤又分疏，築堤起到的作用非常有限。嘉靖末年，許多河臣提到海口壅積現象，認為這是導致上游河道沖決的原因。潘季馴看到這個問題的實質，以束水攻沙緩解決口問題。他一開始就對疏海口積沙的議論提出疑問，“臣等乃乘輕舠出雲梯關至海濱，延袤四望，則見積沙成灘，中間行水之路不及十分之一，然海口故道則廣自二三里以至十餘里。詢之土人，皆雲往時深不可測，近因淮黃分流，止餘涓滴入海，水少而緩，故沙停而積，海口淺而隘耳。若兩河之水仍舊全歸故道，則海口仍舊全復原額，不必別尋開鑿，徒費無益也”。現代沉積學研究結果反證了潘季馴當年的正確認識。潘反對疏導，認為束水可以沖刷海口積沙。“職等竊謂海無可浚之理，惟當導河以歸之海，則以水治水，即浚海之策也。然河又非可以人力導也，欲順其性，先懼其溢，惟當繕治堤防，俾無旁決，則水由地中，沙隨水去，即導河之策也。”現代研究的證據也說明了束水攻沙的效益。
潘季馴以前，萬恭分析了束堤與黃河治理的南北偏重。“河南屬河上源，地勢南高而北下，南岸多強，北岸多弱。夫水趨其所下，而攻其所弱。近有倡南堤之議者，是逼河使北也。北不能勝，必攻河南之銅瓦廂，則徑決張秋，攻武家壩，則徑決魚臺，此覆轍也。若南攻不過溺民田一季耳，是逼之南決之禍小，而北決之患深。”他分析了北南之治的輕重後，對上下游的治理也有進一步分析：“行水之法，治有餘，先下流；治不足，先上源。”他的治水重點偏下源，偏築堤。萬恭還認為堤法有四：“堤曰遙，曰逼，曰曲，曰直。”他同時說：“今治水者多重遙直而輕逼曲，不知遙者利於守堤而不利於深河，逼者利於深河而不利於守堤，曲者多費而束河則便；直者省費而束河則不便。故太遙則水漫流，而河身必墊，太直則水溢洲，而河身必淤。”這樣認知，表明他對水情的熟知，其技術體系是：“如欲深北，則南其堤，而北自深；如欲深南，則北其堤，而南自深；如欲深中，則南北堤，兩束之衝中堅焉，而中自深。此借其性而役其力也。”堤北使黃河水流南下助運，南堤淤積後，又不得不向北分水，所謂“深中”，就是沖刷河道，穩定黃運合一河道。因客觀上已形成南高北低的形勢，官方並不擔心南堤的南決。萬恭言：“豐、沛、蕭、碭，黃河南岸地形高仰，水發出岸無憂，不必堵遏。蓋上流少漫，須臾則暴怒之性漸消，東注之勢漸緩，徐邳下流可無虞也。”
潘季馴的束水攻沙得自於前人的知識，更得自他長期的水情觀察和對水文規律的認識。萬曆二十年（1592年），在總結四任河督的經驗時，他說：“而臣則以為，祖宗二百餘年之故道必不可失也。泥成說者，每欲支分以殺勢，而臣則以為，黃河之濁流，必不可分也。臣執此以治河者前後一十二年矣。”他詳陳開支河的害處：“議者謂：水勢宜殺，黃水暴漲，何不多浚支渠以殺之乎？臣曰：此分合之說，正所當辯也。分流誠能殺勢，然可行於清水之河，非所行於黃河也。黃河鬥水，沙居其六，以四升之水，載六升之沙，非極迅溜湍急，則必淤阻。分則勢緩，勢緩則沙停，沙停則河飽，飽則奪河，河不兩行，自古記之。借勢行沙，合之者，乃所以殺之也。”長期以來，治河者動不動議改河道，潘季馴認為支河開則沙停，沙停則淤，淤則決。“河不兩行，自古記之。支河一開，正河必奪，故草灣開而西橋故道遂淤，崔鎮決而桃、清以下遂塞，崔家口決而秦溝遂為平陸。”潘季馴清楚地看到分流、淤塞和決口的關係。“流日久，土日松，土愈松，水愈濁。故平時之水，以鬥計之，沙居其六，一入伏秋，則居其八矣。以二升之水，載八升之沙，非極湍急，即至停滯。故水分則流緩，流緩則沙停，勢所必至者，臣等不暇遠引他證，即以近事觀之，草灣一開，而西橋故道遂淤；崔鎮一決，而桃、清以下遂澀。去歲水從崔家口出，則秦溝遂為平陸。”為了完善黃堤、運堤和運口的暢通。他提議挽正河之水以利疏通，大築高家堰，聚分散狀態的淮水於一湖，從一湖中形成一線，接運河匯入黃淮交匯口，與黃河對沖，形成以清刷渾的局勢，同時濟運。清口下游“創行接築四十餘里，以遏兩河之水，盡趨於海。自清江浦運河至淮安西門一帶舊堤，相應再行幫厚，勿致裡河之水走洩妨運”。他的築堤和高家堰工程取得了良好的成效。“嘉靖以來，河之沖決多在徐邳以南，自朱衡開南陽新河，潘季馴塞崔鎮、築高堰以後，河道安流，糧運無阻，故近年以來，惟見下流之通而不見上流之害。”
潘季馴開始治河時，下游沒有束堤，上游束堤後，海口淤積增加，下游決口也增加，故還需在下游築堤。萬曆六年，支河被塞，全黃沒有分流，清口處清水刷注，海口淤積也增多。“支河既塞，海沙尚高一帶河身，日漸淤墊，決塞之患，比歲稍多。”萬曆十六年，潘季馴重新回到治河任上，進一步完善了各區域的堤工與河防工程的管理系統。從總體上講，他更重視上源決口，願意恢復上游黃河故道。“黃河上流，三門七澤而下，地平土疏，每易沖決，特非運道所經，往往忽視，以為無虞，而不知上源既決，運道未有不阻者，故修守之法在河南尤屬緊要。其故道由新集出小浮橋，銅幫鐵底，所當開復，而歲儉費繁，未能遽行，惟慎加修守，庶保無虞。”他也更重視上源河道修堤。“黃河北岸逼漕，南岸逼省，先臣劉大夏於兩岸各築長堤，綿亙千有餘裡，百年來頗受其利。乃坍塌衝汕，歲修易湮，宜刻期修築。”萬曆二十年以後，清口以下束堤不斷進行。從清江浦起，到高嶺止，他組織人力“共堤一萬六千九十一丈，近又加至戴百戶營止，共堤八千一百五十六丈，向來置之若棄”。
潘季馴以前的築堤沒有整體性的制度安排，加之河臣們的疏水分水之策，使得整體上難有成效。潘季馴進行的是全局性束水衝沙，“自萬曆六年興工以來，大小決口悉皆築塞，自徐抵清，除中間原有高阜可恃外，餘俱創建遙堤，然又慮異常暴漲，遙堤或亦難容，故又於桃、清北岸崔鎮、徐升、季太、三義鎮等處建減水壩四座，使得宣洩入湖，免傷堤址。告成之後，又開復邳州北岸直河一道，而蒙、沂諸水徑出大河，開復宿遷南岸小河一道，而靈、睢積水漸已消減”。築減水壩以替代以前別開河道疏水，這是一種更加複雜的水利工程。在茶城口的清濁交匯處，建設了一系列工程保證運艘往來。“水力既專，奔流迅駛，淤沙日滌，河身日深，海口一帶，今歲倍加深闊，此皆河淮合流，沖刷之明效也”。萬曆十五年李國士言：“先年河決桃源、崔鎮口等與高家堰、黃浦淺諸處，徐、邳間俱成巨浸。賴舊總河臣潘季馴創建遙堤、修閘壩、築堰口、導氾濫東歸雲梯關入海，五六年來無水患。”潘在不同地區還有相應的技術應對。徐州的房村、靈璧的雙溝、睢寧的馬家淺等地，“皆系埽灣急溜。先年屢經沖決，最為要害。今雙溝一帶已議，棄縷守遙矣。其餘每歲冬春間，務及時詳加勘議”。在雙溝，他棄縷守遙，根據形勢變化進行防護。“雙溝棄縷守遙，固為得策，但恐漲水直至峰山，未免分流，今於邳州對河羊山、龜山、土山相接處，並築橫堤長四百八十丈，縱有順堤之水，遇格即返，仍歸正漕，自無奪河之患。”
萬曆六年，潘在築堤束黃的同時，將黃河河道歸於一流，上游由蘭陽、歸德、虞城、碭山、徐州、宿遷、桃源等地至清河會淮入海，儘管黃河自嘉靖年間集中徐邳一段，在決口情況下仍多道分流。潘季馴將黃河穩定在徐州小浮橋入運一線上，可以刷深徐、呂二洪，他在小浮橋河段上用力甚多。在治理上源的同時，潘季馴加強了茶城閘體系的治理。“黃水濁而強，汶、泗清且弱，交會茶城。伏秋黃水發，則倒灌入漕，沙停而淤，勢所必至。然黃水一落，漕即從之，沙隨水去，不浚自通，縱有淺阻，不過旬日。往時建古洪、內華二閘，黃漲則閉閘以遏濁流，黃退則啟閘以縱泉水。近者居敬復增建鎮口閘，去河愈近，則吐納愈易。但當嚴閘禁如清江浦三閘之法，則河渠永賴矣。”
高築堤束水，高築堰蓄清刷黃，各地工程都為束水攻沙服務，這就形成了黃、淮、運統一治理整體。“徐、邳、桃、清沿河各堤固矣，崔鎮等口塞矣，則黃不旁決而衝漕之力專；高家堰築矣，朱家口塞矣，則淮不旁決而會黃力專。淮、黃既合，自有控海之勢。”萬曆六年，“築高家堰六十餘里，歸仁集堤四十餘里，柳浦灣堤東三十餘里、西四十餘里，塞崔鎮等決一百三十餘處。徐、睢、邳、宿、桃、清兩岸築遙堤共長五萬六千四百三十餘丈，馬廠坡堤七百四十餘丈，使兩河不得外決。築碭山大壩、豐縣邵家大壩各一道，約水不得北徙。築徐、沛、豐、碭縷堤一百四十餘里，砌八淺寶應湖石堤共長一千五百七十餘丈，建崔鎮、徐升等四減水壩，修復淮安新舊閘壩，而遷通濟閘於淮安甘羅城南以納淮水，故道盡復”。當時的高堰建設於萬曆七年完成，堤防與高堰的協防，使堤防成為治理整體的一部分。
萬曆十六年（1588年），“潘季馴定每歲加培遙堤，高、厚各五寸。並言栽柳六法，以臥柳為佳”。同時，“修補高堰石堤三千一百十丈，幫土堤三千六百三十五丈”。萬曆十九年（1591年），潘在黃河堤防之間放水淤平內地以圖堤防堅久的技術。“縷、遙二堤，俱為防河善法，但宿遷以南，有遙無縷，獨直河，以西地勢卑窪，歲歲患水，宜將遙堤查閱堅固，卻將縷堤相度地勢，開缺放水，沙隨水入，地隨沙高，庶消患而費可省。”他提出接築各地遙堤，“自永賴亭以下接築遙堤計五百四十丈至黃家溝止”。他還推行支渠大堤防淤技術，“徐城積潦，悉由新開支河洩出，惟魁山迤北王家林一段，約長十餘丈；迤南倪家林一段，約長三十餘丈，宜仿支河新堤之法，築大堤一道，自無塌損之患，積水勢若建瓴矣”。這些措施，都是對束水攻沙體系的完善。
明末的黃河水位相比清代為低，隨著黃淮力量的消長，動態平衡也出現相應的變化。“夫高堰居淮安之西南隅，去郡城四十里，而近堰東為山陽縣之西北鄉，地稱膏腴。堰西為阜陵、泥、墩、范家諸湖，西南為洪澤湖。淮水自鳳泗來，合諸湖之水，出清口會黃河，經安東縣出雲梯關，以達於海。”諸湖尚分散，沒有整合成後期那樣的洪澤湖，清口會黃河的水位較低，也沒有後期那樣因水位提高出現的險情。隨著黃強淮弱，這一區域的水災增多。“每歲四五月間，淮陰畚土塞城門、穴、竇出入，而城中街衢尚可舟也。淮既東，黃水亦躡其後，濁流西泝，清口遂堙。而決水行地面，宣洩不及清口之半，不免停註上源，而鳳陽、壽、泗間亦成巨浸矣。故此堰為兩河關鍵，不止為淮河堤防也。”潘季馴利用高家堰與洪澤湖，使之形成一種水文平衡的工程。以淮水濟運，運河水也因此可以入黃。明初黃河為患不重，運口在淮陰城北，運口移至清口區域後，高家堰還沒有全面開展。關於蓄清敵黃，潘季馴有一套水學的思辯。“馴戊寅之夏詢之泗人曰：‘鳳泗之水畜於高堰，未決之前乎，抑既決之後也？’僉曰：‘高堰決而後蓄也。’‘清口塞於高堰未決之前乎，抑既決之後也？’僉曰：‘高堰決而後塞也。’馴曰：‘堰決而塞，築則必通，堰決而蓄，築則必達，堰成而清口自利，清口利而鳳泗水下。”高家堰的高築，開啟了江淮平原的水文動態的改變。萬曆二十七年（1599年），河決單縣黃堌，運道阻塞。張朝瑞繼承了潘季馴的治高家堰策略，啟用洪澤湖蓄水，小水啟壩閘以順水，水大則閉水使水入湖，洪澤湖的蓄洪作用日益明顯。“其高寶湖水，倏然盈溢者，蓋高堰以內上流也，以外下流也，上流決則下流溢，勢固然耳。今高堰一帶，閘壩不可不闢也，亦不可深闢也。宜度地理遠近，勢之高下，於堰外有溝港行水之處，狹者為減水石閘，闊者為滾水壩，每歲淮水小，則聽其順閘壩之內以入海；淮水大，則聽其滾、閘、壩之外以入湖。庶淮水、湖水各得其平。”隨著蓄洪作用的增加，以清刷渾的制度體系越來越穩定。
歸仁堤建設，也屬於束水攻沙體系的一部分，同時防止水淹泗州以保護明陵。“歸仁集堤所以捍禦黃水、睢水、湖水，使不得南射泗州，並攻高堰，而又遏睢水、湖水，使之併入黃河，益助沖刷，關係最為重大。每歲三月間，即當撥洪夫二百餘名，協同本堤夫，併力修護。”他重點關注小河口的工程。“蓋小河通則睢水徑入黃河，而歸仁之水減半，其藩籬則又在耿車、時兒灘一帶之堤。蓋此堤高厚堅固，則睢水不能漫入埠子等湖，而小河常通矣。故上自高阜，下至時灘，皆當接築長堤，歲加修守，且密栽茭葦等以護之。”
束水攻沙以後，黃河流速加快，因運河段水流速度加快，行舟不利。萬曆年間多人提出開泇河以避黃河。萬曆二十九年（1601年）張問達提到“採舊議，開泇河，舍黃流，引汶、泗山川泉源之水以為運道”。直隸巡按張養志言：“治河之策，不越理黃河、開泇河之兩端。”泇河以前是泗水支流，源分東、西，匯合後至泇口，下匯沂水，至邳州入黃河。泇河修成運道後，邳州以上的河道便會從黃河分離出來。萬曆三十三年（1605年），官方由夏鎮南面的李家口大挑泇河。“自直河口起至李家港止，開拓二百六十里，漕船始由泇通行以避黃險。”避險的長度達三百餘里。從萬曆三年議開泇河，至此成功。開泇河後，“避淺澀急溜二洪之險，建閘置壩，聚諸泉河之水，以時啟閉，用之六年，通行無滯”。
運河避黃，黃運交匯區的治理工程則完全集中於清口。至此，明末與清代的黃淮運治水格局基本上確定。黃河從北區擺動到南區，這是從分散到集中的第一步。進入南區後，各條河道分殺了黃河之水，海口淤積不嚴重。為了保運，河道逐步集中於一線。經過治理，河流主槽相對穩定了300年。黃河固定集中於徐邳一線以後，又可以分為兩個階段，第一個階段在嘉靖年間，決口多發生在徐州上游，決口東衝運河。第二個階段在嘉靖四十四年（1565年）以後，這一階段上游束堤，河決多發生于徐邳段和清河一帶，隨著清口工程日益重要，黃淮運的治河治運的格局基本上確定下來。
潘季馴去世後，分黃導淮興盛一時，長期以來疏導之策又開始恢復，當疏導解決不了淤塞與決口問題時，束水攻沙又重新成為基調。萬曆四十三年（1615年）工部侍郎林如楚就講：“黃河所恃，唯遙、縷二堤，可為束水歸漕之計，邇因黃泇役煩，自徐州以下，各堤單薄，河臣計地七百餘里，料估九萬有奇。”明末官方的策略，仍是加固雙重河堤，束水歸漕，下游則清濁交匯以歸海。潘季馴的治河之策，基本成了清代的基本治河之策。鄭肇經言：“蓄清敵黃，倡自潘季馴，其後有清二百餘年間，莫能越其範圍，殆成牢不可破之局勢。”
古清口位於泗水入淮處。黃河奪泗前，因為泗水清澈，泗水入淮處稱清口；黃河奪泗後，淮水為清河。北宋後期的泗水下游，在桃源（今江蘇泗陽南）東南三十里三義鎮又向南分出一支河至淮陰入淮，稱小清河，舊道遂稱大清河。泗口有大、小清河口兩處，二口相去約五里許。淮揚運河原在末口入淮，宋時漕船由運入淮，西趨汴口，需要上溯三十里淮河，汴河入淮口不是清口，而是盱眙對岸的泗州臨淮。元豐六年（1083年），官方從盱眙龜山引淮水開渠，在南岸與淮河並行東流，至洪澤鎮與新河相接，此為龜山運河。金元以後，黃河長期奪泗入淮，初由大清河口合淮。元開會通河，泗水下游黃河河道變成了南北大運河一段。淮河下游為黃河所奪，泥沙將河床抬高，淮河中上游各支來水彙集在淮泗口以上，下洩不暢，聚積成湖，原來的零星小湖和沼澤窪地連成一片，形成現代的洪澤湖。宋代開新河和龜山運河以及沿河聚落，俱為湖水所淹沒，沙河淤廢，淮南運口只剩末口一處。元末明初，清口是黃淮交匯處，運河未至這一區域入黃。嘉靖前的交匯口為大清河入淮處，稱大河口。“山陽縣，即淮安府治，東北至草灣黃河二十五里，北至老壩口黃河三十餘里，西北至清口六十里，東至海口二百三十里。黃河自汴至徐，經邳、宿、桃源三義鎮入口，由毛家溝抵清河縣後，謂之大河口會淮。流過漁溝達安東下雲梯關入海，謂之老黃河。明嘉靖初，三義口塞，南從清河縣前，亦與淮合，謂之小清口，徑清江浦至草灣轉西南過淮安新城，北達安東。”就在小清口上，運口與黃淮交匯口合為一。
明代中前期，清口尚未成為黃淮水利的關鍵，只有張福口一道入黃。隨著黃、淮、運交匯於一口，清口越來越重要。早期河臣甚至對清口都沒有清楚的認知。張企程言：“查《大明會典》，並未載有黃會清口之文，但云至河南始散漫浮溢，至山東勢益峻急。計其所決之處，或由中牟至潁州東入於淮，或由亳州渦河會於淮，或至泗州會淮入海，此班班可考者。萬曆六年間該淮揚巡按御史邵陛疏雲：正德以前，黃河從開封以上分為四股，會淮同行，循潁、亳、壽、鳳下清河入海。邇年上流盡塞，全出徐州，獨行千有餘裡，至清河始與淮會。夫曰：‘同行下清河，亦非至清口始會也。’又查得淮安府舊志乃正德十二年間纂修者，內載諸水，止雲：‘淮泗環帶於西北，湖海設險於東南。’並未載有黃河也。其志清河縣亦止雲：‘大清河由治東北入於淮，小清河由治東南入淮，亦並未載有黃由清河合淮也。據土人云：‘正德以前，黃由老黃河故道入海，緣武宗皇帝南幸挽水行舟，黃始達於清口。’由此言之，黃淮之不合於清口也，其來久矣。臣今分黃之路，尚循老黃河故道，舊河形跡，強半尚存。夫前之分流，既無所妨，則今之分黃，亦何必盡泥。”他認為清口交會，“乃近年事，壅塞者創為水會天心之說，以聳人聽也。”早期運河的入淮入黃之口，常常變異。清口位置，應在明武宗正德年間落在小清河上（圖2）。嘉靖年間黃河與運河交匯點固定，清口有更確切的位置。《薈蕞》雲：“清河縣在淮安府西五十里，河去縣一里，縣西三十里有三汊河口。泗水至此分為大、小二清河，大清河經縣治東北入淮，俗稱老黃河，今湮；其小清河於縣治西南入淮，即今之清口也。但舊以泗流清於淮故名清河。至弘治初，黃河從徐、邳入本河，而水愈濁，遂為黃河矣。”
圖2 明代淮揚運河北段運口示意圖（資料來源：姚漢源：《京杭運河史》圖4⁃22⁃1“明後期清江浦南北運口示意圖”，中國水利水電出版社1998年版，第300頁。鄒逸麟、張修桂主編：《中國歷史自然地理》圖13.9“明代清江浦河示意圖”，科學出版社2013年版，第470頁。）
清口工程有一個從簡單到複雜的過程。明初漕船沿運河抵淮安後，須轉陸運翻過河壩，過淮河和黃河，損耗巨大。陳瑄採納故老的建議，自淮安城西側的管家湖起，開鑿二十里河渠，命名為清江浦，將湖水導入淮河，並修築四座閘門。可以看出，這時的運口，只是入淮，還沒有像後期那樣接黃。當時的沿湖有十里長堤，使漕船可以直達淮河。運舟過淮之後在另一口入黃，入淮有難度，入黃很簡單。隨著北部會通河的形成，入淮需要更多的投入。“宋禮既治，會通河成，朝廷議罷海運，仍以瑄董漕運。議造淺船二千餘艘，初運二百萬石，浸至五百萬石，國用以饒。時江南漕舟抵淮安，率陸運過壩，逾淮達清河，勞費其巨。十三年，瑄用故老言，自淮安城西管家湖，鑿渠二十里，為清江浦，導湖水入淮，築四閘以時宣洩。又緣湖十里築堤引舟，由是漕舟直達於河，省費不訾。”管家湖工程是運河溯淮通道，當時的管家湖是一個大湖泊，周圍八十里，在淮安城西。當時的管家湖水由東向西，後期的水流自西而東。陳瑄置移風、清江、福興和新莊四閘，各閘以時閉啟，運口閘是新莊閘。永樂十三年，官方建淮安五壩控制水流。《南河全考》載：“仁字壩、義字壩在新城東門外，東北自城南引湖水抵壩口，外即淮河，遇清江口淤塞，運船經此入淮。禮字壩、智字壩、信字壩在新城西門外西北，引湖水抵壩口，外即淮河。遇清江口淤塞，則官民商船經此達於淮。”運舟經過淮安城六十里以後，經運口閘再向東行十里才是大河口，大河口是入黃河地點。早期的黃、淮、運的交匯區相差十里，交匯點不固定。運道自新莊閘進入淮河以後，“下十里至大河口，從三義鎮出口向桃源大河而去，謂之老黃河”。運舟先入淮，然後到大河口會黃。嘉靖時期，上游黃河集中於一線，這個區域也開始集中於一點。“嘉靖初年，三義鎮口淤而黃河改趨清河縣，南與淮會合入海，自是運道不由大河口而徑詣清河縣北上矣。”黃河入小清河以後，運舟直接北上，不用東下後入黃。新莊閘是明初入淮的運口，隨著黃水氾濫時的淤積，新莊閘區域淤積，官方將運口上移。沒有上移運口以前，官方在洪澤湖另一個北向通道建通濟閘北會新莊閘助運。萬曆年間，運口上移，清口地點成為洪澤湖北出水口、運口和黃河合流處。黃淮運交匯的區域不斷縮小，運河入黃淮處，逐漸成為水文敏感地點，也成為治水的核心。
隆慶六年朱衡言：“惟清江浦水勢最弱，出口處所適與黃河相值比，因民船由閘往來不閉，遂至沙淤壅塞，既有妨運道，復貽患淮郡。宜於黃水盛發時閉各閘，惟鮮貢船隻聽令，經由探有帶入沙淤，隨即爬撈，毋使停滯。”這時的閘壩管理相當鬆散，清口區域的淤塞水平與後期相比尚輕。明代新莊閘周邊，一開始水流疏散，閘壩工程簡單。“新莊口南諸閘，一遇水發，必須築壩。及貢使與勢官經過，旋復掘放。”萬曆年間運口又變。萬恭言：“嘉靖中，黃水泛入清江淤河，臣費十萬開新河以北接於淮，其說以為接清流勿接濁流可不淤，不知黃河非安流之水也，伏秋水盛，則西壅淮流，並灌新開河。”原來的運口閘淤，變至新開的閘口（圖2）。新開的閘口在黃河的泛濫的情況下又淤。“歲役千夫浚淮黃交會之淺，而患愈博矣。”萬曆元年，萬恭在原運口處建運口石閘，這個石閘也淤塞。萬曆六年，潘季馴認為運口閘直接黃河，不免內灌，棄閘為壩。移原通濟運口閘至甘羅城東，“相去舊閘不及一里，改運口斜向西南以避黃趨淮”，此閘仍俗稱新莊閘。清初靳輔治河時，此口與黃淮交匯處有二百丈，“黃水仍復內灌”。從相距十里到相距二百丈，運河與黃淮交匯口基本上合一。
正統元年（1036年），黃水開始倒灌清口，景泰六年（1455年），黃河泥沙使清江浦運道淤塞三十里。成化七年（1471年），新莊閘又淤塞。黃河水就不斷淤塞運河。水小時，大量泥沙流入運河，直向邗溝寶應以南，運道淤積；水大時，水決高家堰流入高寶諸湖，沖決漕堤。黃河水從清口向運河區氾濫。正德二年（1507年），新江浦添加閘壩二座，當時議者說：“春冬淮水退消，清江浦淤淺，外河與裡河湖水高下，懸隔設壩盤剝，舟行未便。宜將壩改作內外二閘，以時啟閉，節水通舟。”當時的清江浦運道靠淮水資運，黃水與淮水尚沒有大規模南下。正德十六年，揚州一帶的運河仍然缺水，官方甚至仍然請修復早年就已經盛行的五塘灌運。沒有形成黃淮交匯和以清刷黃以前，北部地勢沒有抬高，運道與宋元時期相比，甚至都並沒有產生重大變化。
嘉靖年間以後，就是黃河集中徐邳一線以後，形勢大變。嘉靖十五年總督漕運周金言：“自嘉靖六年後，河流益南，一支入渦河，直下長淮；一支仍由梁靖口出徐州小浮橋，一支由趙皮寨，出宿遷小河口，各入清河口匯由新莊閘入裡河，水退沙存，日就淤塞。訪諸故老，皆言河自汴來本渾，而渦、淮、泗清，新莊閘正當二水之口，河淮既合，昔之為沛縣害者，今移淮安矣。”故老說的“河自汴來”，正指徐邳一線的黃河形成過程中的方向。南線黃河支流入渦合淮，水到清口為清，泥沙在以上區域沉澱。“皖北諸川，其源皆濁，匯淮入洪澤湖，乃成清水。”嘉靖二十年（1541年），“黃河東決於淮安大清口，南竭四十里。黃河過清江浦，轉而向南”。嘉靖二十二年，官方修清江浦壩並開月河。“商船便於盤駁，舊方家壩遂淤廢。”清江浦原有成化七年建在淮河南岸上的二壩。作為清江浦河的運河，與洪澤湖向清口方向的一條河流相接。嘉靖二十二年，相關人員上奏：“近年河流會注新莊閘口，每將閘河淤淺，若因時封閉，以阻濁流，使運船由二壩車盤，與清河對岸而渡，不惟可以避長淮之險，可以省閘河挑浚之費。”這是借清流過黃河。
當時的運口已經常淤塞，每開一口，即形成淤積。黃水“伏秋盛發，則西擁淮流數十里，並灌新開河”。每年需要動員人力與物力進行挑浚。上游黃河集流，淮水集流，運口上移，逐使黃、淮、運集於一區。早期交匯區相對模糊，黃、淮、運處於一種整體的相對分散狀態。隆慶六年山東御史吳從憲言：“淮安而下，清河而下，正淮、泗、河、海沖流之會，河潦內出，海潮逆流，停蓄移時，沙泥旋聚，以故日就壅塞。”隨著不斷髮生的淤塞，也越來越需要清水的衝淤，也就是淮水的衝淤，黃淮二水越來越逐步集中於清口區域，諸多的清口工程因此而生。
早期的黃河在上游產生留淤，下游清口處泥沙量較少。越到後期，水量愈大，泥沙量越多。隆慶六年總督漕運王宗沐提到黃河在“弘治二年決張秋奪汶入海，其首猶北向，乃今則直南入淮，而去歲之決閻家口，支出小河，近符離、靈璧則又幾正南矣。自西北而直東南，途益遠而合諸水益多，則其勢大而決未可量也”。麟慶言：“黃既不常入泗，縱入亦系賈魯河分流其入淮之處，距清口尚遠，故至嘉靖初年，雖洪澤諸湖已匯為一，而河口末嘗倒灌，淮得暢出其河口，情形猶與明初相同。迨嘉靖初年以後，黃常入泗，三義口淤塞，河流南徙，於清河縣前與淮水交會於小清口，黃強淮弱，橫截河口，於是淤湖淤運，百病叢出。”黃河河道集中，在小清河口會淮時的水流力度加強，故形成黃強淮弱的形勢。“隆慶、萬曆間，黃日南徙，上下數千裡，告決頻仍。淮為黃遏，河口日淤，於是淮湖相連，匯為巨浸，鹹名之曰‘洪澤湖’。”
早期清口區域的清流，呈東西向，河道相對穩定。越到後期，清口區域逐步形成水流的南北對沖和以清刷黃的格局。黃河經清口水流，折而東北向流動。洪澤湖在明末清初的擴張，為官方築高家堰，形成以清刷黃的水流創造了條件。淮水以前由西向東，隨著高家堰和清口的建設，形成南北合運入黃之局。萬曆二十三年吳應明奏：“淮、黃二流，會於清口，而海口一帶則淮黃之尾閭也。先因黃河遷徙無常，設遙、縷二堤，束水歸漕，乃水過沙停，河身日高，徐、邳以下居民，盡在水底，今清口以外，則黃流阻遏，清口以內，則淤沙橫截，強淮倒灌上流約百里許，淮水僅出沙上之浮流。”這是束水攻沙後的水環境與地勢。洪澤湖入黃之河道是張福口河，北高南下，他說：“張福口居淮河北流，與清口對，堤張福則水向南而淮病，堤清口則水向北而淮不病，故拆張福堤而於清口造堤，以束之，亦兩利也。”經過張福口的治理，萬曆年間就形成了以清淮濁集中一點的功效。
高家堰早年為防淮水東侵而設，到後期才是為蓄清敵黃。“自漢以來，即有高家堰，在淮安之東南，永樂間通淮河為運道，築堤堰上，以防淮水東侵，又自府北鑿河，蓄諸湖水南接清口，凡六十里，曰‘清江浦’，乃運船由江入淮之道，建清江等閘遞互啟閉，又築土壩以遏水勢。後閘壩禁弛，河渠淤塞。嘉靖八年，疏治復舊。隆慶中高家堰廢，淮水由黃浦口決入，漫衍民田。萬曆四年，開草灣河，渠長六十二里，分殺黃河，以緩清口之衝。七年（1579年），復築高堰，起新莊至越城，長一萬八百七十餘丈，堰成，淮水復由清口會黃河入海，而黃浦不復沖決。”牛應元認為清口區域的緊張形勢起於嘉靖末期，萬曆年間形成黃強淮弱之勢。“黃淮原有交會處，黃從西北來，自清河縣北二十里駱家營，折而東至大河口會淮，所稱老黃河是也。永樂初準平江伯陳瑄以其迂曲，從駱家營開一支河，為見今河道，而老黃河淤矣。萬曆年間，復從草灣開一支河，黃舍故道而趨，以致清口交會處，二水相持，淮不勝黃，則竄入各澗口。淮安士民於各閘口築一土埂以防之。嗣後淮、黃暴漲，水退沙停，清口遂淤，今稱門限沙是也。此時當事者不思挑闢門限沙，乃傍土埂築大堰，橫亙六十里，名曰高堰，全淮正流之口置不為理，復將從旁入黃之張福口一併築堤塞之，遂倒流而為祖陵患矣。”他認為築高堰，蓄清刷黃，會形成水淹泗州的局面。
嘉靖三十年（1551年），漕運都御史應檟也看到了清口越來越嚴重的黃淮壓力。“先年黃河入海之道疏通無滯，故開清河口通黃河之流以濟運道，今黃河入海下流如澗口、安東等處，俱漲塞，河流壅而漸高，瀉入清河口，泥沙停淤，屢浚屢塞，茲欲使黃河之水不入清河口，須鑿澗口以決壅滯，疏支河以殺水勢，工力浩繁，未敢輕議，勘得三里溝在淮河下流，黃河未合之上，淮水清多濁少，議者未宜閉清河口，開三里溝至通濟橋，使船由三里溝出淮河達黃河，且道里甚近，工費不多，欲除河患，無以易此。”最後，朝廷同意此辦法。明代的運口工程不像後期那樣完備，官方可以輕易地轉移運口，嘉靖年間官方就將運口轉至三里溝運口（圖2）。在清江浦一帶，“頻年外河黃水漫入輒淤，浚治無已，運舟每為阻滯”。黃河之水在上游開始集中於徐邳段之後，上游散流減少，下游的流速加快，清口以下段黃淮區域的淤積增加。當地有人獻開支河之策：“自板閘而下，相度地形，中道別開一支河，河口亦建閘，各高其堤。防淤則浚其一，而開其一以行舟，可免停泊矣。”
潘季馴治理之前，清江浦一帶仍然散漫，隨著上游治理的加強，下游才有不斷增加的水患。吳桂芳言：“自去秋河決崔鎮，清江正河淤澱，淮口梗塞，於是淮弱河強，不能奪草灣入海之途，而全淮南徙，橫灌山陽、高、寶間，向來湖水不逾五尺，堤僅七尺，今堤加丈二，而水更過之。”上源決口使清河、桃源一帶的堤岸多壞，沙淤於外，形成對清江浦的淤塞。後“黃河日淤墊，淮水為河所迫，徙而南，時五年八月也。”
老黃河故道，是後期決口氾濫的另一通道，黃河入老黃河故道時，淮又入小清河故道。“淮之出清口也，以黃水由老黃河奔注，而老黃河久淤，未幾復塞，淮水仍漲溢。”這時期，因黃河日益增高，一般的壩閘不能解決問題。萬曆十六年王士性言：“自徐而下，河身日高，而為堤以束之，水行堤上，與徐州城等，束急流益迅，委全力於淮而淮不任，故昔之黃淮合，今黃強而淮益縮，不復合矣。”官方開運河閘濟運或疏水，會出現黃水直搗運河，使裡運河體系出現淤塞的現象。“河至清河，向南衝者凡四折而後入海，淮安、高、寶、鹽與興蓋不啻數百萬生靈之命，託之於一丸泥，決則盡成魚鱉，將奈之何。”在這種環境下，官方才日益關注高家堰工程，蓄清刷黃的思想逐步確立。
朱衡在講束水攻沙的時候，提到過清口的以清刷黃。“浚淺有漕黃交會之異，浚漕黃者，或爬或撈，或逼水而衝，或引水而避，此可人力勝者。茶城與淮水會，則在清河，茶城清河之淺，無歲不然，蓋二水互為勝負，黃河水勝，則壅沙而淤；及其消也，淮漕水勝，則衝沙而通，雖用人力，水力居十七八。築堤有截水、縷水之異，截水之堤，可施於閘河，不可施於黃河。蓋黃河負湍悍之性，挾川潦之勢，所向何堅不破，顧可以一堤當之？乃縷水之堤。不然，河由淮入海，運道實資之，故於兩岸築堤，不使從旁潰溢，始得遂其就下入海之性，蓋以順為治，非以人力勝水性，故至今百五六十年，永賴不變，查清河之淺，應照茶城例，每遇黃河漲落時，挖挑河潢導令淮水沖刷。”他提議將茶城經驗移之於清口。
萬曆五年河決崔鎮，潘季馴提出了清口區的以清刷渾之說，把築堤與築高堰聯繫為一體。“季馴以故道久湮，雖浚復其深廣，必不能如今河。議築崔鎮以塞決口，築遙堤以防潰決，又淮清河濁，淮弱河強，河水一斗，沙居其六，伏秋則居其八，非極湍急，必至停滯，當藉淮之清以刷河之濁，築高堰束淮，出清口以敵河之強，使二水並流，則海口自浚，即桂芳所開草灣亦可不復修治。”他對黃淮合流有積極的看法。隨著黃河日強，高堰蓄水的作用越來越大。“固高堰、復諸塘、疏海口、撈淺積、修石堤。”到明末，高堰建設與一系列的水文與水利建設，形成清口水利的中心。同年施天麟言：“淮泗之入湖者，又緣清口向未淤塞，而今淤塞故也。清口之淤塞者，又緣黃河淤塞日高，淮水不得不讓河而南徙也。蓋淮水併力敵黃，勝負或亦相半，自高家堰廢壞，而清口內通濟橋、朱家等口淮水內灌，於是淮、泗之力分，而黃河得以全力制其敝，此清口所以獨淤於今歲也。下流既淤，則上流不得不決。”施天麟在這裡看到淮泗併力敵黃的重要性。“至高家堰、朱家等口，宜及時築塞，使淮、泗併力足以敵黃，則淮水之故道可復，高、寶之大患可減。”黃水強，治水者也必須蓄淮以使淮強。
弘治八年（1495年），部分黃水從清口進入運道，於寶應洩入寶應湖，由寶應南流入高郵湖，因此高郵湖原有的小湖逐漸擴大相聯。隆慶三年，黃淮匯流，高家堰潰決，東灌淮揚。高家堰在明代有四次大決口，首次發生在隆慶三年，二次發生在萬曆年間，一次發生在天啟年間。隆慶三年決口時，淮水東經寶應湖穿射陽湖，黃河水隨其後，射陽湖因此而開始淤墊。為了避免淮揚和運河受災，官方也必須高築高家堰。然而，東部也有被淹的狀態。萬曆年間潘季馴“束水攻沙”積淮水刷黃，洪澤湖水位提高，泗州明祖陵水患不斷。黃河水汛期倒灌入洪澤湖，淤高洪澤湖。隨著清口地區的水情緊張，淮揚地區水災也因此增加。
明代政府重啟南北大運河進行漕運，黃河成為運河的一部分，黃、運治理成為國家水利的重心。作為南北向的人工河流，運河必須藉助於東西向的黃、淮等水系的河道。由於黃河水流強大，運河既要藉助於黃河，也要有效避開黃河之淤。早期黃河在黃淮運區域決口後變為多流，或東泛，或南流，東泛衝運，南流則使運道失水。隨著築堤的加強，黃河多流逐歸於徐邳一線，淮水逐步積水成洪澤湖，黃淮運的水利工程也隨之不斷集中。從分散到集中的過程，伴隨著水系結構的改變和水文水情的變化。這一區域治理的核心是保護運河，但又要防止黃河決口。保運使治黃工程一開始就實行北堵南疏的措施，使黃河沖積面從南北分佈狀態，轉而成為南部的半扇面。南部的半扇面又在保運的基礎上從對一個面的治理走向對一條線的治理，最後集中於徐、邳黃運合一段的治理。早期的治河者在散流的基礎上控制黃淮運，各河道的水流狀態呈現一種散流狀態。隨著運河治理需求的提升，其他河道的流動狀態，或為避衝運道，或為避淤，或為引流濟運，都要為運河服務。明代後期，治理的中心越來越集中於黃河與運河的兩個入口，即茶城和清口。到清代，運河與黃河完全分離，黃淮運的治理集於清口。黃淮運水系格局和水利治理結構，形成於明代，延續於清代。從面到點的變化，是明清時期黃淮運水利工程的一大特色。從大範圍的疏導築堤到小範圍的以清刷黃，都極具生態特色。水利工程從這樣大範圍內的自然控制轉向小範圍的水利控制，這種不斷地適應水環境變化的綜合水利治理方式，體現出國家幾百年大河治理的深刻思考與積極實踐。
