按照時令，端午節處於小滿與夏至之間，為夏節。此時自然界陰陽交替，正是多種傳染病的發病高峰。採取必要的措施進行季節性防疫，符合中醫“治未病”的原則。
關於端午習俗與夏日防疫的關係，古人的認識是科學的和超前的。
比如吃粽子一事，周處認為是順應節氣，“取陰陽相尚相包裹未分散之時象”。宗懍認為是“以避水厄”。
競龍舟是適於五月進行的民間娛樂活動，有強身健體、愉悅身心的效果。
插艾葉“以禳毒氣”（《荊楚歲時記》），“漬酒以菖蒲，插門以艾，塗耳鼻以雄黃，曰避蟲毒”（《帝京景物略》）。
從古人的這些說法中可以看出，端午節風俗中大多活動都與仲夏時令有關，包含著科學的防病滅災道理。
在長期的生活實踐中，古人發現：當季節變化或環境改變之時，人的機體不能一下子適應變化了的情況，各種疾病很容易發生，而採取一些必要的防範措施確有避免和減少疾病發生的可能。生活中的經驗逐漸成了傳統，並約定成俗。
但限於科學水平和人們認識能力的限制，對許多問題還無法作出準確的解釋，巫醫就利用人們本來就有的對鬼神的信仰，摻入了“神靈”的說教，給這些原本接近科學道理的習俗打上了帶有濃厚封建迷信色彩的烙印。正本清源，有必要對這些問題說個明白，還事物本來純潔之面貌；去偽存真，很容易看到這些民俗中的樸實光華，讓它們更好地為人類健康服務。
菖蒲酒，不僅在民間早有習用，就是在古代皇室中也是有特殊身價的，清宮醫案中慈禧和光緒服用以菖蒲為主藥配製的“長春益壽膏”“延齡益壽膏”等延年益壽藥最多。菖蒲的這一作用起碼在唐代以前就被充分認識和運用了，文學家韓愈的《進學解》中就有“以昌陽引年”的話。
這裡的“昌陽”，就是菖蒲，因古時以一寸九節者為上品，故又名“九節菖蒲”。其主要作用是化痰開竅、利溼和中。化痰去百病之源，開竅使耳聰目明，和中能增進食慾，利溼以輕身健體。諸功合用，對延年益壽會有一定幫助。《道藏》中有“菖蒲傳”一卷，
書中說堅持以酒送服菖蒲丸，一個月消食，二個月痰除，五年骨髓充、顏色澤、白髮黑、落齒更生。儘管這種說法可能有些誇大，但適量飲用菖蒲酒對身體有益的確是事實。“端陽”崇“昌陽”，恐怕還有使陽生、陽昌的吉意，這符合中國古文化的特色。
關於插艾葉，明代詩人莊昶在“蓬萊宮中懸艾虎，舟滿龍池競蕭鼓”的詩句中有過吟詠，那是說景緻的。與他同時代的李時珍在《本草綱目》中也說過“五月五日雞未鳴時，採艾似人形者攬而取之，收以灸病甚驗，是日採艾為人形，懸於戶上，可禳毒氣”的一席話，這是說用途的。
作為中藥，艾有調理氣血、驅逐寒邪、溫通經脈、安固胞胎、止血止帶的用途，是治療心腹冷痛、久痢久瀉、吐血衄血、崩漏帶下、胎動不安、癰瘍疥癬的常用藥，習慣上以湯陰產的北艾、蘄春產的蘄艾和四明產的海艾為上品。
以艾為灸，是艾的上述作用與針的作用的綜合，對治療相關疾病效果不錯，古有艾入藥“通十二經脈”、灸用“治百病”的讚語。五月鮮艾，長勢正盛，氣味刺鼻，用其驅蚊殺菌確有一定效果，這也是被現代藥理研究肯定了的。
關於用雄黃酒，民間習用之風本已不可收，戲曲《白蛇傳》中白娘子端午喝雄黃酒現蛇形的渲染，使它更有了市場。雄黃解毒殺蟲之功歷代醫籍多有記述，自《神農本草經》至近代研究運用的結果都是持肯定態度的。
但它主要的作用是療外傷的，無論是消癰止痛的醒消丸、治瘡癢疥癬的二味拔毒散、治諸瘡發毒的生肉神異膏，還是治破傷風的發表雄黃散、治積年冷瘻的雄黃膏、治大麻風的雄漆丸，都直接或間接地連著外科。治內科疾病運用比較慎重，用量嚴格控制在0.3～0.9克之內，均研粉加入丸、散之劑。
雄黃的主要成分是硫化砷，分解氧化後成為劇毒的三氧化二砷，運用不當會引起中毒，乃至致命。因此，不僅雄黃酒不能飲，在身上搽雄黃也是很危險的舉動。因為雄黃可以被皮膚直接吸收，反覆或大面積搽塗照樣會引起中毒。對雄黃殺蟲解毒的功能要正確認識、科學運用，萬不可無端以俗為據而盲從使用的。