腹脹腹瀉的主要病因是病菌、病毒、毒素、藥物、精神壓力、暴飲暴食等，導致大腸蠕動異常，小腸液分泌過多，水分吸收異常。
常補充益生菌，能夠改善腸道菌群，對感染性腹瀉預防，甚至對精神壓力所引起的腹瀉，對腸燥症或其他原因複雜不明的慢性腹瀉，效果也非常不錯。
（1）抗生素併發腹瀉：使用抗生素治療感染疾病時，有將近30%的病人會併發嚴重腹瀉，許多臨床研究顯示同時補充益生菌可以預防腹瀉。最近，美國的威賀教授統合分析十項臨床研究的結果，也證明益生菌療效顯著。
基本上，我強烈建議，服用抗生素時，要加倍補充益生菌，服用時間最好間隔一到兩小時。
（2）偽膜性大腸炎：長期使用抗生素時，腸道中原本數量很少、安分守紀的困難腸稜菌，經常會快速繁殖，放出大量毒素，引發非常棘手的偽膜性大腸炎。
病人會腹瀉、發燒、白血球數目升高，死亡率極高。英國的一項調查揭示，1999年只有499人死於偽膜性大腸炎，到了2006年，竟然增加到3393人。
（3）旅行者腹瀉、水土不服：許多人到東南亞、印度等國家旅行時，都有腹瀉的心理準備，但其實到日本、美歐旅行，同樣常常腹瀉。這種旅行者腹瀉的案例每年高達1200萬例，有人會因為旅遊疲勞緊張、食物、水土不服，其實多半是因為細菌或病毒感染。
腹脹腹瀉在生活中太常見了，大家對腹脹腹瀉的警惕性，也比對便秘高。其實我是藉著這三項醫學上重要的腹瀉試題提醒讀者，當生病必須服用抗生素時，請務必大量補充益生菌；當外出旅遊時，同樣請加倍補充益生菌。目前發表的腹瀉臨床研究綜合分析，都顯示益生菌確實對預防及緩解腹瀉、腹脹、便秘等非常有幫助。
2.感染性腸炎：補充益生菌，縮短感染期
我把感染性腸炎由腹瀉這一項單獨提出來討論，因為在許多國家，這是五歲以下兒童的主要死因，例如印度，幾乎每十名兒童就有一名死於感染性腸炎引發的嚴重腹瀉。
益生菌對付感染性腸炎同樣是明顯的。英國的丹斯教授在2004年及2010年，分別對二十三項及六十三項臨床研究進行綜合分析，結論都清楚揭示，益生菌能夠減輕細菌性或病毒性腸炎引發的腹瀉症狀，縮短腹瀉時間。
3.消化不良：功能性消化不良，要嘗試益生菌
功能性消化不良的可能致病原因包括：胃底部適應性遲緩異常、胃排空異常、內臟過度敏感等，簡單地說，就是當食物進入胃部時，胃底部應該要放食，容納更多食物，但是消化不良的患者，胃不會放鬆，吃一點就有飽腹感，而且迫使食物太快進入十二指腸，引發所謂的“十二指腸剎車反射”，使得胃排空運動停止，食物塞在胃裡，排不出去，而且這些患者的胃又過度敏感，稍微撐大，就有疼痛感，於是稍微吃點東西，就感到脹、痛。
對於功能性消化不良，醫生會使用胃腸蠕動刺激劑、胃酸分泌抑制劑，甚至抗憂鬱劑，或非藥物的精神治療，都能有助於症狀的緩解，但是都治不了本，醫生知道很快你又會回來掛號。
那麼益生菌有沒有效呢？研究結果統計分析起來，效果良好。補充益生菌，能有效保持人體腸胃菌群平衡，緩解消化不良的症狀。
4.大腸急躁症：早被證實的益生菌作用
簡單說，大腸急躁症就是腸道的肌肉與神經過度敏感，一受到刺激就反應過度。經常會因情緒壓力，或只是單純用個餐，肚子就絞痛，急著跑廁所，很煩人的。情況嚴重時，連家門都出不了，有四成的人甚至因此得了腸燥憂鬱症。更糟的是，幾乎沒有比較有效的治療藥物。
26%或解便不乾淨所佔的比例較高。一般認為大腸急躁症和心理壓力有關，其實真正致病原因仍不清楚，除了心理因素外，也可能是食物過敏，大腸蠕動異常，腸道感染，細菌毒素，腸道發炎等。
2009年，榮總胃腸科張扶陽教授和陽明腦科學所廬俊良，一起發表了一篇大腸急躁症的代替療法論文，提到目前藥物療效效果真的很難令人滿意，所以很多人會去尋求替代療法，包括：中藥、針灸、精油、大腸水療等，效果同樣很難被認定。
益生菌對大腸急躁症的調理作用非常明顯，近幾年有好幾項統合分析研究，都證明益生菌的確有效：益生菌可以減輕整體症狀，尤其對“腹脹”，以及腹脹引起的疼痛不舒服，特別有效。
益生菌對大腸急躁症得作用是相當有學理根據的。最近有研究指出腹脹等症狀和腸內菌群失衡有關，而且罹患感染性腸炎，經常會引發大腸急躁症，揭示腸道菌異常及腸道發炎極可能和大腸急躁症有關，而改善腸道菌群，提高免疫，降低發炎，正是益生菌公認的拿手強項。
5.腸道發炎疾病：益生菌搭配正規醫療，效果顯著！
經常腹痛、腹脹、下痢，甚至便血，經常發燒疲倦、臉色蒼白，病情反反覆覆、時好時壞，醫也醫不好。要注意了！你可能得了非常時髦的“腸道發炎”！
和腸癌常見於五十歲以上的中老年人不同的是，腸道發炎疾病常見於二十到三十歲的年輕人。這兩類腸道疾病都和生活習慣、飲食習慣、精神壓力有關，這都和腸道里面百兆微生物的菌相平衡有關。
橫濱市立大學醫院最近發表了一個臨床案例。一位七十一歲嚴重抗藥性綠膿桿菌感染的潰瘍性大腸炎患者，以強力抗生素及固醇治療，效果極差，後來配合益生菌，才逐漸穩定下來。益生菌對緩解潰瘍性大腸炎效果顯著。
注：益生菌知識科普
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