除觀賞外，菊花還有珍貴的藥用價值。中醫認為，菊花性味甘苦，歸肺、肝二經，具有疏風、清熱、明目、解毒之功效，可以治療頭痛、眩暈、目赤、心胸煩熱、疔瘡腫毒等症。李時珍認為，菊花“其苗可蔬，葉可啜，花可餌，根實可藥，囊之可枕，釀之可飲”。
現代藥理研究表明，菊花的提取物對革蘭氏陽性菌、結核桿菌、流感病毒、皮膚真菌等都有抑制作用，還可以降低血壓、擴張冠狀動脈、增加冠狀動脈的血流量、增強毛細血管的抵抗力。臨床有報道稱，菊花對高血壓、高血脂、動脈硬化都有良好的治療效果。
治療高血壓病，有個簡便的方法是取菊花、金銀花各30克，分4次用滾開水沖泡，10～15分鐘後當茶飲。一般連服1周後，血壓可漸降，頭暈、失眠等症狀也能逐漸好轉。
菊花與養生及長壽也有著密切的關係。據《後漢書·郡國志》記載，南陽酈縣城北八里有條清流，清流兩岸的山谷中長滿了甘菊。菊花從兩岸紛紛落入水中，使水甘馨無比。在這裡居住的30戶人家從不打井，飲水、洗涮均從河裡打水。這些居民普遍長壽，上壽一百二三十歲，中壽百餘歲，七八十歲壽終者更是算不上長壽。
菊花還可以用來釀酒，或可用菊花和白酒浸泡成菊花酒。
酒為水谷之精，熟谷之液，味辛、甘，性熱，入心、肝經，具有暢通血脈、活血化瘀、祛風散寒、消冷積、養脾氣、促消化、潤皮膚的功能。適量飲用，可強心提神、助氣健胃、消除疲勞、增強精神。